L'éducation à la pensée critique est au coeur de la formation universitaire. En particulier, elle est nécessaire dans l'étude des débats et des controverses sociales qui intéressent les étudiants en sciences de la vie : citons ici les controverses sur la disparition des abeilles, sur la mise en culture des OGM, sur les perturbateurs endocriniens, sur les fabrications du doute dans la littérature scientifique ou encore sur l'indépendance de l'expertise scientifique. Nous présentons ici un projet pédagogique qui a eu lieu en 2015 avec des étudiants en biochimie (Master 2). Ce projet est original car il est centré sur une formation de jeunes scientifiques à l'étude des controverses : des outils, des concepts et des théories conçus dans des disciplines telles que la rhétorique et l'argumentation ont été enseignés à des étudiants qui n'avaient reçu quasiment aucune formation en sciences humaines à l'université. Avec ces connaissances en sciences humaines, ainsi que les connaissances classiques en biochimie, il est devenu possible d'analyser les argumentations développées par différents intervenants dans la controverse sur le rôle des insecticides dans la disparition des abeilles : biologistes, apiculteurs, agriculteurs et paysans, industrie des produits phytosanitaires, associations de citoyens, ministère de l'agriculture. Les étudiants ont ainsi pu étudier comment les données issues des sciences de la vie sont utilisées par les différents intervenants dans leurs argumentaires. Des grilles de lecture ont été construites en classe avec les étudiants pour repérer les stratégies argumentatives et rhétoriques qui se retrouvent dans un corpus de documents lié à cette