Staphylococcus aureus est un des pathogènes majeurs impliqués dans les mammites chez les ruminants. Les symptômes associés varient selon la sévérité des mammites (de la mammite subclinique à la mammite gangréneuse). L’origine de cette variabilité (virulence du pathogène/susceptibilité de l’hôte) n’est pas clairement établie à ce jour. Afin d’identifier les différences entre des souches de S. aureus impliquées dans des mammites de degrés de sévérité différents, nous avons comparé deux souches de S. aureus isolées de mammites gangréneuse (O11) et subclinique (O46) et reproduisant des tableaux cliniques distincts lors d’infections expérimentales en modèle brebis. Les deux souches ont été séquencées (Illumina) et leur transcriptome (puce pangénomique) et protéome (électrophorèse 2D) ont été analysés et comparés dans des conditions mimant le contexte mammite. O11 et O46 sont génotypiquement et génétiquement proches à un prophage (présent dans la souche O46) et quelques gènes présentant des insertions/délétions près. A l’inverse, les analyses protéomiques et transcriptomiques ont montré des différences majeures entre les deux souches. O11 produit plus de toxines et de protéases que la souche O46 mais moins de composés de surface (adhésines, capsule), quelle que soit la phase de croissance. Il est à noter que le système agr est fonctionnel et que son expression est identique dans les deux souches. Ces résultats ont été confirmés sur d’autres souches de S. aureus isolées de mammites ovines présentant des degrés de sévérité différents. De façon remarquable, nous avons observé plusieurs différences inter-souches dans des gènes impliqués dans le métabolisme du fer. Ainsi, O11 surexprime des gènes impliqués dans l’acquisition du fer (isdH, sbnC, opéron sir) alors que O46 présente en plus d’une sous expression de ces gènes, des délétions sur les gènes isdH et hrtB. L’expression de ces gènes chez les souches de S. aureus isolées de mammites pourrait être un élément clé dans le pouvoir infectieux au sein de la glande mammaire. Ces résultats montrent que, même si O11 et O46 ont en théorie un potentiel de virulence équivalent (comparaison génomique / contenu en gènes similaire), la capacité d’expression des facteurs de virulence ainsi que la capacité d’adaptation au contexte infectieux, (comparaison transcriptomique et protéomique) varient entre les deux souches et pourraient être à l’origine des degrés de sévérités distincts observés en contexte mammite