En métagénomique ciblée, une problématique récurrente concerne la quantité de lectures réellement exploitables en sortie d'un séquenceur à haut débit. L'une des étapes influençant cette quantité est la détection dans chaque séquence des amorces utilisées pour amplifier le gène ciblé. Usuellement les séquences n’ayant pas les amorces parfaites sont rejetées. Notre étude interroge l’impact d’accepter également les séquences avec amorces mutées. Il s’agit de répondre aux questions suivantes : Accepter les séquences avec amorces mutées permet-il d'augmenter le nombre de séquences exploitables par échantillon ? Cette augmentation impacte-t-elle les résultats obtenus au terme de l'analyse métagénomique , c’est-à-dire permet-elle d’augmenter le nombre d’OTU (Operationnal taxonomic unit), et donc potentiellement d’espèces, détectés ? L’étude a été menée sur 9 échantillons, dans le cadre d’une étude de la biodiversité des sols tropicaux chez les eucaryotes unicellulaires. Les échantillons ont été séquencés à la fois en Roche/454 et en Illumina MiSeq, afin de pouvoir constater l'impact de la technologie sur les résultats. Le séquençage a ciblé la région V4 de la sous-unité 18S de l'ARN ribosomique. En résultat, on observe que la recherche des amorces V4F et V4R mutées permet d'améliorer de façon non-négligeable la sensibilité de l’analyse métagénomique. Cela augmente le rappel parmi les séquences d'un échantillon et cela permet également la détection de nouveaux OTU (+7 à +10 %, dans notre étude, en fonction de la technologie de séquençage), que ce soit en augmentant l'abondance de séquences détectées en nombre insuffisant pour être validées ou que ce soit en détectant des séquences totalement nouvelles qui n'étaient pas visibles auparavant. Une étude supplémentaire a par ailleurs montré que ces nouveaux OTU, et notamment les totalement nouveaux, étaient aussi crédibles que les OTU avec amorces exactes.