Rationaliste, en lutte contre les aberrations que constituent les superstitions, Maury défend une connaissance positive de l’homme afin que celui-ci puisse se réapproprier ses propres créations involontaires dans le domaine de la religion, et trouver la clé de ses rêves non seulement personnels mais aussi collectifs. Or, les études qu’il publie dans cette perspective attirent l’attention sur la puissance de l’imagination, de l’inconscient, de la sexualité, des profondeurs mystérieuses de l’homme . Loin d’adhérer aux certitudes positivistes qui font parfois du progrès un dogme, Alfred Maury – comme Flaubert – fait la distinction entre le progrès technique et scientifique et le progrès moral et historique auquel il ne croit guère. L’histoire des religions fournit plutôt des arguments à la thèse inverse. Même si Alfred Maury cède parfois à un hégélianisme et cherche une évolution des symboles orientaux jusqu’à l’anthropomorphisme grec, même s’il rêve – à ses débuts surtout – de remplacer la foi par la raison, il ébauche par ailleurs une histoire des religions qui montre plutôt le renforcement de la faculté d’illusion au fur et à mesure que l’humanité acquiert une capacité d’abstraction. C’est ce que montre son approche philologique de la symbolique.