Les réseaux moléculaires, une approche bio-informatique globale pour interpréter les données de spectrométrie de masse tandem - Archive ouverte HAL Accéder directement au contenu
Article Dans Une Revue Spectra Analyse Année : 2015

Molecular networks, a bioinformatic tool for tandem mass spectrometry data interpretation

Les réseaux moléculaires, une approche bio-informatique globale pour interpréter les données de spectrométrie de masse tandem

Résumé

SUMMARY. Data interpretation from analysis by tandem mass spectrometry (MS2) of a complex mixture of natural origin is a daunting task, usually done manually by a specialist. Recently, a novel bioinformatics approach, called «molecular networks» or «molecular networking», was developed by an American laboratory at the University of California San Diego. This approach is able to organize and view MS2 data in the form of a spectral similarity map, highlighting the presence of spectral groups and their degree of similarity. Through the use of molecular networks, complex mixtures may be compared in silico and annotated, facilitating the study of living organisms metabolome. With the launch of the platform GNPS (http://gnps.ucsd.edu), this approach is now available to the entire scientific community. This application note shows the potential of molecular networks, through two examples that are based on the analysis by liquid chromatography coupled with tandem mass spectrometry (LC-MS2) of plant extracts from Euphorbia genus.
RÉSUMÉ. L'interprétation des données issues de l'analyse par spectrométrie de masse tandem (MS 2) d'un mélange complexe d'origine naturelle est une tâche ardue, généralement effectuée de manière manuelle par un spécialiste. Récemment, une approche bio-informatique innovante, nommée « réseaux moléculaires » (molecular networking), a été développée par un laboratoire américain de l'Université de Californie de San Diego. Cette approche est capable d'organiser et de visualiser des données MS 2 sous la forme de carte de similarité spectrale, mettant en lumière l'existence de groupes spectraux ainsi que leurs degrés de similarité. Grâce à l'utilisation de réseaux moléculaires, des mélanges complexes peuvent être comparés in silico et annotés, facilitant l'étude du métabolome d'organismes vivants. Avec la mise en ligne de la plateforme GNPS (http://gnps.ucsd.edu), cette approche est désormais accessible à l'ensemble de la communauté scientifi que. Cette fi che d'application présente le potentiel des réseaux moléculaires, au travers de deux exemples qui s'appuient sur l'analyse par chromatographie liquide couplée à la spectrométrie de masse tandem (LC-MS 2) d'extraits végétaux du genre Euphorbia.
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Origine : Accord explicite pour ce dépôt

Dates et versions

hal-01254171 , version 1 (11-01-2016)

Identifiants

  • HAL Id : hal-01254171 , version 1

Citer

Louis-Félix Nothias-Scaglia, Mélissa Esposito, Jean Costa, Julien Paolini, David Touboul, et al.. Les réseaux moléculaires, une approche bio-informatique globale pour interpréter les données de spectrométrie de masse tandem. Spectra Analyse, 2015, 307, pp.73-78. ⟨hal-01254171⟩
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