A call for benchmarking transposable element annotation methods. - Archive ouverte HAL Accéder directement au contenu
Article Dans Une Revue Mobile DNA Année : 2014

A call for benchmarking transposable element annotation methods.

Douglas R Hoen
  • Fonction : Auteur
Glenn Hickey
  • Fonction : Auteur
Guillaume Bourque
  • Fonction : Auteur
Josep Casacuberta
Cédric Feschotte
  • Fonction : Auteur
Anna-Sophie Fiston-Lavier
  • Fonction : Auteur
Aurélie Hua-Van
Robert Hubley
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Aurélie Kapusta
  • Fonction : Auteur
Florian Maumus
David D Pollock
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Hadi Quesneville
Arian Smit
  • Fonction : Auteur
Travis J Wheeler
  • Fonction : Auteur
Thomas E Bureau
  • Fonction : Auteur
Mathieu Blanchette
  • Fonction : Auteur

Résumé

DNA derived from transposable elements (TEs) constitutes large parts of the genomes of complex eukaryotes, with major impacts not only on genomic research but also on how organisms evolve and function. Although a variety of methods and tools have been developed to detect and annotate TEs, there are as yet no standard benchmarks-that is, no standard way to measure or compare their accuracy. This lack of accuracy assessment calls into question conclusions from a wide range of research that depends explicitly or implicitly on TE annotation. In the absence of standard benchmarks, toolmakers are impeded in improving their tools, annotators cannot properly assess which tools might best suit their needs, and downstream researchers cannot judge how accuracy limitations might impact their studies. We therefore propose that the TE research community create and adopt standard TE annotation benchmarks, and we call for other researchers to join the authors in making this long-overdue effort a success.
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hal-01204840 , version 1 (28-05-2020)

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Citer

Douglas R Hoen, Glenn Hickey, Guillaume Bourque, Josep Casacuberta, Richard Cordaux, et al.. A call for benchmarking transposable element annotation methods.. Mobile DNA, 2014, 6, pp.13. ⟨10.1186/s13100-015-0044-6⟩. ⟨hal-01204840⟩
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