Le développement de systèmes d’élevage avicoles durables passe par la recherche d’animaux plus résilients et capables d’assimiler des aliments de moindre qualité ou en tout cas de qualité plus variable. Alors que l’efficacité métabolique des animaux a déjà été largement améliorée, leur efficacité digestive a été moins explorée et exploitée. Si les travaux de génétique ont montré les possibilités de sélection pour l’efficacité digestive, les gènes et les mutations à l’origine de la variabilité de ce caractère complexe restent méconnus. Leur connaissance permettrait d’améliorer l’efficacité de la sélection génétique, en intégrant dans le choix des animaux une information moléculaire. Par ailleurs, disposer de tels biomarqueurs permettrait d’étudier plus finement l’influence des facteurs d’élevage et de développer des stratégies ciblées sur l’amélioration de l’efficacité digestive. Les travaux de génomique positionnelle ont d’ores et déjà permis d’identifier plusieurs régions du génome (QTL) contrôlant l’efficacité digestive et les caractères associés. Ils vont s’enrichir d’approches de génomique fonctionnelle pour préciser les gènes et les voies métaboliques impliqués et de métagénomique pour caractériser les éventuelles relations entre variation d’efficacité digestive et de composition du microbiote.