Après une présentation rapide du dispositif national historique de sélection des ruminants, cet article aborde les bouleversements politiques et techniques récents auquel celui-ci est confronté, notamment la sélection génomique, dans deux espèces : les bovins et les ovins laitiers. L’accent est mis sur l’analyse des changements organisationnels liés à cette nouvelle technique de sélection, dans quatre domaines des activités de sélection : i) les rapports entre acteurs de la recherche et acteurs de la sélection : développement de nouvelles formes de partenariats public-privé, de consortium, mais aussi développement de dynamiques privées de recherche, avec une évolution des relations historiques entre les opérateurs publics (INRA) et les entreprises ; ii) les relations entre opérateurs de la sélection, avec un regroupement de ceux-ci, mais aussi une remise en question des relations de coopération historiques du fait de l’augmentation de la concurrence et des possibilités offertes par la génomique ; iii) les relations et les pratiques entre acteurs de la sélection et éleveurs, du fait de l’accélération de la production de données et iv) la gouvernance des races, du fait du développement de critères de sélection « privés » pouvant remettre en question la gestion en « bien commun » de la race. Une démarche d’accompagnement des dispositifs de sélection en ovins laitiers à la mise en œuvre de ces changements est présentée, montrant comment des acteurs s’organisent pour anticiper ces changements et maintenir les dispositifs collectifs.