L’objectif de ce papier est de repérer les dispositifs de pilotage, les structures organisationnelles et instrumentales du nouveau management public mis en oeuvre dans les universités. Nous analysons la cohérence et les limites des packages de contrôle à l’oeuvre (Malmi & Brown, 2008) et mettons en évidence dans ce cadre les difficultés auxquelles les universités ont à faire face pour assurer un réel contrôle de gestion. Nous cherchons en particulier à répondre à la question de recherche suivante : Dans quelle mesure l’évolution des dispositifs de pilotage de la performance participe-t-elle à un changement organisationnel cohérent des universités ? Nous mobilisons pour ce faire une étude de cas approfondie, menée sur la période 2007-2013, et une enquête par questionnaires adressée en 2011 à l’ensemble des personnes occupant des responsabilités de gouvernance au sein des universités françaises. Nos résultats montrent que les cinq dimensions constitutives des systèmes de contrôle présentent des disparités qui peuvent expliquer les difficultés rencontrées par les universités à structurer leurs dispositifs de pilotage de manière cohérente.