Les secteurs agricoles et forestiers ont joué un rôle prépondérant dans la baisse des émissions françaises depuis 1990, année de référence pour le Protocole de Kyoto. Dans un contexte où le régime "post-Kyoto" est en cours de négociation, se pose la question de leur place dans les objectifs nationaux de réduction à l'horizon 2020. Le rapport offre tout d'abord une synthèse des connaissances et des avancées récentes sur la comptabilisation des émissions de GES et des puits de carbone. Il propose également une analyse prospective des sources et des puits agricoles et forestiers. Cette analyse repose sur l'articulation de différents modèles (offre agricole, émissions et puits de carbone dans les sols et les forêts) et de trois jeux d'hypothèses sur l'évolution du contexte macro-économique, des prix et des politiques agricoles et commerciales. Les travaux ont conduit à une réévaluation des méthodes de comptabilisation des émissions, notamment en ce qui concerne les émissions de méthane dues à la fermentation entérique. L'analyse prospective montre que le rôle moteur joué par l'agriculture et la forêt dans le recul des émissions françaises devrait s’amoindrir, voire pourrait s’inverser à l’horizon 2020 si aucune mesure spécifique n'est prise pour réduire les émissions. La baisse la plus marquée des émissions n’est obtenue que dans un contexte de croissance ralentie et de prix agricoles faibles, qui se traduit par des effectifs animaux en baisse significative. Même dans ce scénario, la réduction des émissions entre 2005 et 2020 est du même ordre de grandeur que celle qui a prévalu entre 1990 et 2005 (environ 12%). Les deux autres scénarios impliquent au contraire un ralentissement net de la baisse des émissions d’ici 2020. Dans le même temps, le stockage de carbone par les forêts, qui a fortement augmenté depuis 1990 du fait notamment de la sous-exploitation de la ressource forestière, diminuerait entre 2005 et 2020, notamment sous l'effet de prélèvements accrus pour la filière bois-énergie. Sous l'hypothèse d’un développement rapide de cette filière, la baisse du puits forestier (-30 MtCO2eq) l’emporterait sur la baisse des émissions agricoles (de -3 à -12 MtCO2eq) entraînant une augmentation nette des émissions agrégées de ces deux secteurs d’ici 2020.