Interrogation de bases de données biologiques publiques par reformulation de requêtes et classement des résultats avec ConQuR-Bio
Résumé
L’analyse d'expériences bioinformatiques comprend la comparaison des nouveaux résultats obtenus aux
données existantes. Durant ces trente dernières années, les scientifiques ont du faire face à une avalanche de
données, de différents types, et présentes dans une multitude de bases de données publiques. L’accès aux
données publiques se fait par l’interrogation de portails (tels que le portail Entrez du NCBI) au moyen de
mots clés. Cependant, deux requêtes très similaires peuvent fournir des ensembles de réponses différents
conduisant l’utilisateur à devoir tester différentes reformulations de ses requêtes (termes synonymes,
variantes orthographiques, abréviations).... Les résultats obtenus doivent ensuite être filtrés, comparés... En
outre, chaque ensemble de résultats est classé par le portail (en utilisant le nombre d'occurrences du mot-clé
dans chaque résultat). Cependant, lorsque plusieurs reformulations sont considérées, il n'est pas simple de
produire un classement triant par ordre de pertinence l'ensemble des résultats recueillis séparément, d'autant
que ces résultats peuvent être fournis par centaines.
Dans cette démonstration, nous présentons ConQuR-Bio (http://conqur-bio.lri.fr) qui permet aux
utilisateurs d'interroger les bases de données publiques du NCBI tout en générant automatiquement toutes les
reformulations possibles et fournit des réponses triées en utilisant des techniques de consensus de classement
(ou agrégation de classements). Notre démonstration montrera l’intérêt de notre approche pour des requêtes
biomédicales, lors de la recherche de gènes issus d’EntrezGene et impliqués dans des maladies.