Dans ce travail, on considère un problème de contrôle d’un procédé biologique séquentiel discontinu pour le traitement de la pollution. Ce modèle fait intervenir deux réactions biologiques, l’une étant aérobie et l’autre anoxique. On s’intéresse, dans un premier temps, à un problème de contrôle optimal en temps minimal puis en temps et en énergie. On prouve l’existence de trajectoires optimales et on calcule, dans chaque cas, les contrôles optimaux correspondants. In this work, we consider an optimal control problem of a biological sequencing batch reactor for the treatment of pollutants. This model is formed of two biological reactions, one being aerobic and the other, anoxic. We are interested in a problem of optimal control in time and then, in both time and energy. The existence of the optimal trajectories is proven and the corresponding optimal controls are derived in each case.