Les annexes hydrauliques sont des écosystèmes qui font actuellement l’objet d’une attention particulière d’un point de vue de la gestion et de la restauration car ce sont des milieux qui rendent d’importants services écosystémiques. Les services le plus fréquemment mis en avant sont la ressource en eau, le stockage temporaire de l’eau des crues et la capacité auto-épurative des matières azotée. Ce sont également des réservoirs de la biodiversité aquatique et semi-aquatique, car ces zones sont très favorables à la reproduction et au recrutement de différentes espèces piscicoles (comme le brochet) ; ce sont également des zones refuge pour l’ichthyofaune, notamment lors des événements hydrologiques extrêmes, crues et étiages prononcés. Afin de comprendre le fonctionnement des bras morts, une étude pluridisciplinaire a été initiée en 2008. L’étude a pour vocation de combiner étroitement des approches hydrogéomorphologiques et écologiques, afin de mieux appréhender les spécificités fonctionnelles de ce type de milieu par l’étude des interactions entre les processus abiotiques et biotiques. A été retenue comme zone d’étude six bras morts connectés au chenal principal par l’aval et présentant différents niveaux d’atterrissement et d’artificialisation. Dans le cadre de cette communication, les résultats partiels de cette étude sur deux sites au fonctionnement contrasté seront présentés : 1) un bras mort recoupé récemment (site d’Auzon) ; 2) un site plus anciennement recoupé et beaucoup plus atterri (site de Précaillé). Depuis 2007, ces annexes hydrauliques sont équipées de capteurs de température et de hauteur d’eau. Sur un cycle annuel (2009-10), des échantillons d’eau ont été régulièrement prélevés et les variables physico-chimiques de base et les ions majeurs ont été mesurés. La bathymétrie a été levée et les sédiments sont en cours d’étude (distribution spatiale de la composition, épaisseur et granulométrie ; rythmes de sédimentation). En juillet et en octobre 2009, deux groupes trophiques différents ont été collectés conjointement : les diatomées et les macroinvertébrés benthiques, avec pour objectif une comparaison de leur distribution sur les différents substrats collectés (substrats minéraux grossiers, macrophytes, sédiments fins, vases, litière). A partir de ces deux groupes trophiques, cette étude permettra également d’appréhender la biodiversité, la distribution spatiale de ces organismes et les conditions écologiques qu’ils soulignent, de façon à identifier les caractéristiques fonctionnelles de ces annexes et à proposer des mesures de gestion conservatoire, voire de restauration, adaptées. Actuellement, très peu d’études ont porté sur les diatomées des bras morts et par conséquent les connaissances écologiques sont à compléter en confrontant les caractéristiques abiotiques des bras morts retenus à la présence / absence des diatomées. Au regard des différentes variables abiotiques, il apparait que ces deux bras morts sont fortement influencés par la nappe à l’amont tandis que l’aval subit l’influence de la rivière Allier (influence très marquée à Auzon). En considérant chaque bras mort indépendamment, la distribution des macroinvertébrés évolue de l’amont à l’aval mais ne diffère pas suivant les substrats contrairement aux diatomées qui sont très influencées par les habitats. Ainsi dans le bras mort de Précaillé, Amphora pediculus, Rhoicosphenia abbreviata et Sellaphora minima sont associées aux substrats minéraux grossiers tandis que Aulacoseira ambigua, Cocconeis euglypta et Nitzschia palea sont présentes dans les macrophytes. Navicula gregaria, Melosira varians, Pseudostaurosira subsalina et Sellaphora pupula ont été collectés majoritairement dans les vases. Dans ce bras mort, Pinnularia transversa, qui est considérée comme une espèce rare typique des milieux bien oxygénés, a été collectée au printemps à l’aval, dans les vases.