Un langage de référence pour le phénotypage des animaux d’élevage : l’ontologie ATOL - Archive ouverte HAL Access content directly
Journal Articles (Review Article) INRA Productions Animales Year : 2014

Un langage de référence pour le phénotypage des animaux d’élevage : l’ontologie ATOL

Isabelle Hue

Abstract

Recent technological advances allow the production of large biological datasets that makes more accurate the description of phenotypes. To analyze this huge amount of information with computers and thus compare phenotypes, it is essential to define a standard language that unambiguously defines phenotypic traits so as to serve as a reference, worldwide, to any possible user (geneticist, physiologist, biochemist, modeler, producer...). The absence of such a language/reference for livestock species led Inra, in collaboration with its international partners, to develop an ontology that was called ATOL (Animal Trait Ontology for Livestock). Its aims were to define the phenotypic characters of livestock species, and allocate them to different types: performance traits (feed efficiency, fertility), production traits (dairy, meat, eggs, fatty liver) and societal traits (welfare). This article summarizes the objectives of the project, the original approach used to build the ontology, but also its current status and performance as well as its limitation. This ontology is publicly available on the web and expected to be widely shared worldwide for the common use of unique terms to annotate publications, databases or mine literature and thus promote systemic as well as predictive biology.
Les avancées technologiques récentes en biologie permettent la production de grandes quantités de données capables de décrire de plus en plus finement les phénotypes. Pour traiter en masse ces informations à l’aide de programmes informatiques et comparer les phénotypes provenant d’études différentes, il est indispensable de disposer d’un langage standardisé définissant sans ambiguïté les caractères phénotypiques auxquels pourront se référer des utilisateurs variés (généticiens, physiologistes, biochimistes, modélisateurs, producteurs…). L’absence d’un tel référentiel pour les animaux d’élevage a conduit l’Inra, en collaboration avec ses partenaires internationaux, à mettre en place une ontologie nommée ATOL (« Animal Trait Ontology for Livestock »). Celle-ci vise à définir les caractères phénotypiques des animaux d’élevage en les organisant en catégories, autour des performances (efficacité alimentaire, fer- tilité), des produits (production laitière, de viande, d’œufs, de foie gras) et des préoccupations sociétales (bien-être animal) se rappor- tant aux productions animales. Cet article explique les motivations à l’origine du projet, les objectifs poursuivis, la démarche adop- tée et son originalité, ses limites et ses performances. Notre ambition est que cette ontologie, actuellement en accès libre sur la toile, soit largement utilisée pour référencer les caractères utilisés dans les publications et les bases de données, et ce pour favoriser une fouille bibliographique précise, facilitant ainsi l’intégration des informations à des fins de biologie systémique et prédictive.
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hal-01129862 , version 1 (27-05-2020)

Identifiers

Cite

Pierre-Yves Le Bail, Jérôme Bugeon, Olivier Dameron, Alice Fatet, Wiktoria Golik, et al.. Un langage de référence pour le phénotypage des animaux d’élevage : l’ontologie ATOL. INRA Productions Animales, 2014, 27 (3), pp.195-208. ⟨10.20870/productions-animales.2014.27.3.3067⟩. ⟨hal-01129862⟩
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