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Communication Dans Un Congrès Année : 2012

Détection et quantification des ascospores de Mycosphaerella graminicola responsables de la phase précoce des épidémies de septoriose du blé

Résumé

Le cycle épidémique de Mycosphaerella graminicola, agent de la septoriose du blé, débute à l’automne par des infections primaires causées par les ascospores transportées par le vent. La compréhension des conditions de survie des ascospores sur les résidus de blé et des étapes précoces d'une épidémie nécessite une méthode de détection et de quantification de ces spores, qui peut s’avérer délicate en utilisant uniquement la microscopie. Une telle méthode, basée sur le couplage d'un piégeage des spores au champ avec une quantification par qPCR au laboratoire, a été mise au point. Trois étapes ont été menées en parallèle : i) capture de l’inoculum primaire (ascospores), à l’aide de deux pièges à aspiration Burkard, placés dans et à distance d'une parcelle de blé infectée, en continu pendant quatre mois (19 novembre 2010 - 5 avril 2011) ; ii) mise au point d’un protocole d'extraction permettant de quantifier l'ADN d'une quantité de spores connue, en utilisant deux systèmes qPCR (IGS et β-tubuline) ; iii) application de la méthode pour quantifier les ascospores collectées sur deux fois 100 bandes de piégeage pendant la période de quatre mois. De petites quantités d'ascospores de M. graminicola présentes dans l'atmosphère (en moyenne 90 ascospores.m-3.jour-1) ont initialement été quantifiées pour quatre journées différentes. La méthode de quantification via le système IGS s'est révélée la plus sensible. L’ADN des ascospores collectées sur les bandes de piégeage restantes, conservées à -80°C, sera extrait et quantifié selon le protocole mis en place. Cette quantification permettra d'obtenir l'évolution journalière de la quantité moyenne d'ascospores dans l'atmosphère pendant les phases précoces de l'épidémie. Les améliorations à apporter aux procédures de piégeage, d'extraction d'ADN et de quantification (sensibilité, spécificité, inhibition et limites de détection) ont été discutées. Cette méthode permettra d’identifier la nature de l'inoculum disponible (ascospores vs. pycnidiospores) et de le quantifier, d’identifier son origine (locale intra parcellaire vs. distante), et de déterminer sa quantité efficace (seuil permettant d'initier une épidémie vs. seuil de détection). Le couplage entre les données expérimentales du champ et la quantification au laboratoire ouvre des perspectives intéressantes dans un contexte plus général de biosécurité des cultures (détection précoce d’un agent phytopathogène indésirable) ou de diagnostic des maladies végétales.
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Identifiants

  • HAL Id : hal-01019799 , version 1
  • PRODINRA : 209000

Citer

David Morais, Frederic Suffert, Ivan Sache, Valerie Laval. Détection et quantification des ascospores de Mycosphaerella graminicola responsables de la phase précoce des épidémies de septoriose du blé. 9. Rencontres de Phytopathologie-Mycologie de la Société Française de Phytopathologie (SFP), Jan 2012, Aussois, France. pp.105-105. ⟨hal-01019799⟩
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