On en parle officiellement depuis plus d'une dizaine d'années, certains l'ont attendue avec impatience, d'autres redoutent ses effets, et depuis juin 1998, elle est devenue réalité : entre Bourg-en-Bresse et Dole, l'autoroute A 39 dessert maintenant le sud-ouest du territoire franc-comtois. Son tracé, qui ne quitte jamais le fossé bressan, suit le vigoureux plissement du Revermont et rejoint ensuite les plaines alluviales du Doubs et de la Saône. À hauteur de Lons-le-Saunier, l'A 39 pénètre en terre comtoise pour rejoindre Dole, puis, se dirigeant vers Dijon par une section en service depuis octobre 1994, elle se connecte successivement aux autoroutes A 36 et A 31.