Assessment of transcript reconstruction methods for RNA-seq.
Tamara Steijger
,
Josep F Abril
,
Pär G Engström
,
Felix Kokocinski
(1)
,
Martin Akerman
,
Tyler Alioto
,
Giovanna Ambrosini
,
Stylianos E Antonarakis
,
Jonas Behr
,
Paul Bertone
,
Regina Bohnert
,
Philipp Bucher
,
Nicole Cloonan
,
Thomas Derrien
(2)
,
Sarah Djebali
(3)
,
Jiang Du
,
Sandrine Dudoit
(4)
,
Mark Gerstein
,
Thomas R Gingeras
,
David Gonzalez
(5)
,
Sean M Grimmond
,
Roderic Guigó
(3)
,
Lukas Habegger
,
Jennifer Harrow
(6)
,
Tim J Hubbard
,
Christian Iseli
,
Géraldine Jean
(7)
,
André Kahles
,
Julien Lagarde
(8)
,
Jing Leng
,
Gregory Lefebvre
(9)
,
Suzanna Lewis
,
Ali Mortazavi
,
Peter Niermann
,
Gunnar Rätsch
,
Alexandre Reymond
(10)
,
Paolo Ribeca
(3)
,
Hugues Richard
(11)
,
Jacques Rougemont
(12, 13)
,
Joel Rozowsky
,
Michael Sammeth
(14)
,
Andrea Sboner
,
Marcel H Schulz
,
Steven M J Searle
,
Naryttza Diaz Solorzano
,
Victor Solovyev
(15)
,
Mario Stanke
(16)
,
Brian J Stevenson
,
Heinz Stockinger
(13)
,
Armand Valsesia
(13)
,
David Weese
,
Simon White
,
Barbara J Wold
,
Jie Wu
(17)
,
Thomas D Wu
,
Georg Zeller
,
Daniel Zerbino
,
Michael Q Zhang
1
Head of Medical Sequencing
2 IGDR - Institut de Génétique et Développement de Rennes
3 CRG - Centro de Regulación Genómica
4 Department of Statistics [Berkeley]
5 Oncogenetics Team
6 Sanger Institute
7 LINA - Laboratoire d'Informatique de Nantes Atlantique
8 CRICM - Centre de Recherche de l'Institut du Cerveau et de la Moelle épinière
9 Protéines de défense des réponses immune et inflammatoire : identification, régulation et rôles physiopathologiques
10 UNIL - Université de Lausanne = University of Lausanne
11 CGC - Centre Georges Chevrier. Ordre et désordre dans l'histoire des sociétés (UMR5605)
12 School of Life Sciences [Lausanne]
13 SIB - Swiss Institute of Bioinformatics [Lausanne]
14 CNAG - Centro Nacional de Análisi Genómico
15 Department of Computer Science [Royal Holloway]
16 UC Santa Cruz - University of California [Santa Cruz]
17 SBU - Stony Brook University [SUNY]
2 IGDR - Institut de Génétique et Développement de Rennes
3 CRG - Centro de Regulación Genómica
4 Department of Statistics [Berkeley]
5 Oncogenetics Team
6 Sanger Institute
7 LINA - Laboratoire d'Informatique de Nantes Atlantique
8 CRICM - Centre de Recherche de l'Institut du Cerveau et de la Moelle épinière
9 Protéines de défense des réponses immune et inflammatoire : identification, régulation et rôles physiopathologiques
10 UNIL - Université de Lausanne = University of Lausanne
11 CGC - Centre Georges Chevrier. Ordre et désordre dans l'histoire des sociétés (UMR5605)
12 School of Life Sciences [Lausanne]
13 SIB - Swiss Institute of Bioinformatics [Lausanne]
14 CNAG - Centro Nacional de Análisi Genómico
15 Department of Computer Science [Royal Holloway]
16 UC Santa Cruz - University of California [Santa Cruz]
17 SBU - Stony Brook University [SUNY]
Tamara Steijger
- Fonction : Auteur
Josep F Abril
- Fonction : Auteur
Pär G Engström
- Fonction : Auteur
Martin Akerman
- Fonction : Auteur
Tyler Alioto
- Fonction : Auteur
Giovanna Ambrosini
- Fonction : Auteur
Stylianos E Antonarakis
- Fonction : Auteur
Jonas Behr
- Fonction : Auteur
Paul Bertone
- Fonction : Auteur
Regina Bohnert
- Fonction : Auteur
Philipp Bucher
- Fonction : Auteur
Nicole Cloonan
- Fonction : Auteur
Thomas Derrien
- Fonction : Auteur
- PersonId : 181516
- IdHAL : derrien-thomas
- ORCID : 0000-0002-8211-5789
- IdRef : 120736284
Jiang Du
- Fonction : Auteur
Sandrine Dudoit
- Fonction : Auteur
- PersonId : 770148
- ORCID : 0000-0002-6069-8629
Mark Gerstein
- Fonction : Auteur
- PersonId : 770149
- ORCID : 0000-0002-9746-3719
Thomas R Gingeras
- Fonction : Auteur
Sean M Grimmond
- Fonction : Auteur
Lukas Habegger
- Fonction : Auteur
Tim J Hubbard
- Fonction : Auteur
Christian Iseli
- Fonction : Auteur
Géraldine Jean
- Fonction : Auteur
- PersonId : 3498
- IdHAL : geraldine-jean
- ORCID : 0000-0002-1534-2682
- IdRef : 134505751
André Kahles
- Fonction : Auteur
Julien Lagarde
- Fonction : Auteur
- PersonId : 755946
- IdRef : 130610062
Jing Leng
- Fonction : Auteur
Suzanna Lewis
- Fonction : Auteur
Ali Mortazavi
- Fonction : Auteur
Peter Niermann
- Fonction : Auteur
Gunnar Rätsch
- Fonction : Auteur
Joel Rozowsky
- Fonction : Auteur
Andrea Sboner
- Fonction : Auteur
Marcel H Schulz
- Fonction : Auteur
Steven M J Searle
- Fonction : Auteur
Naryttza Diaz Solorzano
- Fonction : Auteur
Brian J Stevenson
- Fonction : Auteur
David Weese
- Fonction : Auteur
Simon White
- Fonction : Auteur
Barbara J Wold
- Fonction : Auteur
Jie Wu
- Fonction : Auteur
- PersonId : 738642
- IdHAL : jie-wu
- ORCID : 0000-0002-6893-7938
Thomas D Wu
- Fonction : Auteur
Georg Zeller
- Fonction : Auteur
Daniel Zerbino
- Fonction : Auteur
Michael Q Zhang
- Fonction : Auteur
Résumé
We evaluated 25 protocol variants of 14 independent computational methods for exon identification, transcript reconstruction and expression-level quantification from RNA-seq data. Our results show that most algorithms are able to identify discrete transcript components with high success rates but that assembly of complete isoform structures poses a major challenge even when all constituent elements are identified. Expression-level estimates also varied widely across methods, even when based on similar transcript models. Consequently, the complexity of higher eukaryotic genomes imposes severe limitations on transcript recall and splice product discrimination that are likely to remain limiting factors for the analysis of current-generation RNA-seq data.