Systematic evaluation of spliced alignment programs for RNA-seq data.
Non Renseigné
,
Tyler Alioto
,
Jonas Behr
,
Regina Bohnert
,
Davide Campagna
,
Carrie A Davis
,
Alexander Dobin
,
Pär G Engström
,
Thomas R Gingeras
,
Gregory R Grant
,
Géraldine Jean
(1)
,
André Kahles
,
Peter Kosarev
,
Sheng Li
,
Jinze Liu
,
Christopher E Mason
,
Vladimir Molodtsov
,
Zemin Ning
(2)
,
Hannes Ponstingl
,
Jan F Prins
,
Paolo Ribeca
(3)
,
Igor Seledtsov
,
Botond Sipos
,
Victor Solovyev
(4)
,
Tamara Steijger
,
Giorgio Valle
(5, 6)
,
Nicola Vitulo
(5)
,
Kai Wang
,
Thomas D Wu
,
Georg Zeller
,
Gunnar Rätsch
,
Nick Goldman
,
Tim J Hubbard
,
Jennifer Harrow
(7)
,
Roderic Guigó
(3)
,
Paul Bertone
Non Renseigné
- Fonction : Auteur
Tyler Alioto
- Fonction : Auteur
Jonas Behr
- Fonction : Auteur
Regina Bohnert
- Fonction : Auteur
Davide Campagna
- Fonction : Auteur
Carrie A Davis
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Alexander Dobin
- Fonction : Auteur
Pär G Engström
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Thomas R Gingeras
- Fonction : Auteur
Gregory R Grant
- Fonction : Auteur
Géraldine Jean
- Fonction : Auteur
- PersonId : 3498
- IdHAL : geraldine-jean
- ORCID : 0000-0002-1534-2682
- IdRef : 134505751
André Kahles
- Fonction : Auteur
Peter Kosarev
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Sheng Li
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Jinze Liu
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Christopher E Mason
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Vladimir Molodtsov
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Hannes Ponstingl
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Jan F Prins
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Igor Seledtsov
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Botond Sipos
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Tamara Steijger
- Fonction : Auteur
Kai Wang
- Fonction : Auteur
- PersonId : 763158
- ORCID : 0000-0001-6269-3517
Thomas D Wu
- Fonction : Auteur
Georg Zeller
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Gunnar Rätsch
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Nick Goldman
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Tim J Hubbard
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Paul Bertone
- Fonction : Auteur
Résumé
: High-throughput RNA sequencing is an increasingly accessible method for studying gene structure and activity on a genome-wide scale. A critical step in RNA-seq data analysis is the alignment of partial transcript reads to a reference genome sequence. To assess the performance of current mapping software, we invited developers of RNA-seq aligners to process four large human and mouse RNA-seq data sets. In total, we compared 26 mapping protocols based on 11 programs and pipelines and found major performance differences between methods on numerous benchmarks, including alignment yield, basewise accuracy, mismatch and gap placement, exon junction discovery and suitability of alignments for transcript reconstruction. We observed concordant results on real and simulated RNA-seq data, confirming the relevance of the metrics employed. Future developments in RNA-seq alignment methods would benefit from improved placement of multimapped reads, balanced utilization of existing gene annotation and a reduced false discovery rate for splice junctions.