The genome of Theobroma cacao. - Archive ouverte HAL
Article Dans Une Revue Nature Genetics Année : 2011

The genome of Theobroma cacao.

Xavier Argout , Jerome Salse (1) , Jean-Marc Aury (2) , Mark J Guiltinan , Gaetan Droc (3) , Jerome Gouzy (4) , Mathilde Allegre , Cristian Chaparro (5) , Thierry Legavre , Siela N Maximova , Michael Abrouk (6) , Florent Murat (6) , Olivier Fouet , Julie Poulain (2, 7) , Yolande Roguet , Maguy Rodier-Goud , Jose Fernandes Barbosa-Neto , Francois Sabot (8) , Dave Kudrna (9) , Jetty Siva S Ammiraju , Stephan C Schuster , John E Carlson , Erika Sallet , Thomas Schiex (10) , Anne Dievart (11) , Melissa Kramer (12) , Laura Gelley , Zi Shi , Aurélie Bérard (13) , Christopher Viot , Michel Boccara , Ange Marie Risterucci (14) , Valentin Guignon (15) , Xavier Sabau , Michael J Axtell , Zhaorong Ma , Yufan Zhang , Spencer Brown (16) , Mickael Bourge (16) , Wolfgang Golser (9) , Xiang Song , Didier Clement , Ronan Rivallan (11) , Mathias Tahi , Joseph Moroh Akaza , Bertrand Pitollat , Karina Gramacho , Angélique d'Hont (11) , Dominique Brunel (17) , Diogenes Infante , Ismael Kebe , Pierre Costet (18) , Rod Wing , W Richard Mccombie (12) , Emmanuel Guiderdoni (3) , Francis Quetier (2) , Olivier Panaud (5) , Patrick Wincker (7) , Stephanie Bocs (2) , Claire Lanaud
1 GDEC - Génétique Diversité et Ecophysiologie des Céréales
2 UMR 8030 - Génomique métabolique
3 UMR DAP - Développement et amélioration des plantes
4 LIPM - Laboratoire des interactions plantes micro-organismes
5 LGDP - Laboratoire Génome et développement des plantes
6 BioGeCo - Biodiversité, Gènes & Communautés
7 GENOSCOPE - Genoscope - Centre national de séquençage [Evry]
8 LGDP - Laboratoire Génome et développement des plantes
9 EEB - Ecology and Evolutionary Biology [Tucson]
10 INRA - Institut National de la Recherche Agronomique
11 UMR AGAP - Amélioration génétique et adaptation des plantes méditerranéennes et tropicales
12 CSHL - Cold Spring Harbor Laboratory
13 IJPB - Institut Jean-Pierre Bourgin
14 UMR PIA - Polymorphismes d'intérêt agronomique
15 Cirad - Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement
16 ISV - Institut des sciences du végétal
17 EPGV - Etude du Polymorphisme des Génomes Végétaux
18 Animalerie spécialisée
Xavier Argout
  • Fonction : Auteur
Jerome Salse
Génétique Diversité et Ecophysiologie des Céréales
Jean-Marc Aury
Génomique métabolique
CV
Mark J Guiltinan
  • Fonction : Auteur
Gaetan Droc
Développement et amélioration des plantes
Jerome Gouzy
Laboratoire des interactions plantes micro-organismes
Mathilde Allegre
  • Fonction : Auteur
Cristian Chaparro
Laboratoire Génome et développement des plantes
Thierry Legavre
  • Fonction : Auteur
Siela N Maximova
  • Fonction : Auteur
Michael Abrouk
  • Fonction : Auteur
Biodiversité, Gènes & Communautés
Florent Murat
Biodiversité, Gènes & Communautés
CV
Olivier Fouet
  • Fonction : Auteur
Julie Poulain
Génomique métabolique
Genoscope - Centre national de séquençage [Evry]
Yolande Roguet
  • Fonction : Auteur
Maguy Rodier-Goud
  • Fonction : Auteur
Jose Fernandes Barbosa-Neto
  • Fonction : Auteur
Francois Sabot
Laboratoire Génome et développement des plantes
CV
Dave Kudrna
  • Fonction : Auteur
Ecology and Evolutionary Biology [Tucson]
Jetty Siva S Ammiraju
  • Fonction : Auteur
Stephan C Schuster
  • Fonction : Auteur
John E Carlson
  • Fonction : Auteur
Erika Sallet
Thomas Schiex
Institut National de la Recherche Agronomique
CV
Anne Dievart
  • Fonction : Auteur
Amélioration génétique et adaptation des plantes méditerranéennes et tropicales
Melissa Kramer
  • Fonction : Auteur
Cold Spring Harbor Laboratory
Laura Gelley
  • Fonction : Auteur
Zi Shi
  • Fonction : Auteur
Aurélie Bérard
Institut Jean-Pierre Bourgin
Christopher Viot
Michel Boccara
  • Fonction : Auteur
Ange Marie Risterucci
  • Fonction : Auteur
Polymorphismes d'intérêt agronomique
Valentin Guignon
Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement
Xavier Sabau
  • Fonction : Auteur
Michael J Axtell
  • Fonction : Auteur
Zhaorong Ma
  • Fonction : Auteur
Yufan Zhang
  • Fonction : Auteur
Spencer Brown
  • Fonction : Auteur
Institut des sciences du végétal
Mickael Bourge
  • Fonction : Auteur
Institut des sciences du végétal
Wolfgang Golser
  • Fonction : Auteur
Ecology and Evolutionary Biology [Tucson]
Xiang Song
  • Fonction : Auteur
Didier Clement
  • Fonction : Auteur
Ronan Rivallan
  • Fonction : Auteur
Amélioration génétique et adaptation des plantes méditerranéennes et tropicales
Mathias Tahi
  • Fonction : Auteur
Joseph Moroh Akaza
  • Fonction : Auteur
Bertrand Pitollat
  • Fonction : Auteur
Karina Gramacho
  • Fonction : Auteur
Angélique d'Hont
  • Fonction : Auteur
Amélioration génétique et adaptation des plantes méditerranéennes et tropicales
Dominique Brunel
  • Fonction : Auteur
Etude du Polymorphisme des Génomes Végétaux
Diogenes Infante
  • Fonction : Auteur
Ismael Kebe
  • Fonction : Auteur
Pierre Costet
  • Fonction : Auteur
Animalerie spécialisée
Rod Wing
  • Fonction : Auteur
W Richard Mccombie
  • Fonction : Auteur
Cold Spring Harbor Laboratory
Emmanuel Guiderdoni
  • Fonction : Auteur
Développement et amélioration des plantes
Francis Quetier
Génomique métabolique
Olivier Panaud
Laboratoire Génome et développement des plantes
Patrick Wincker
Genoscope - Centre national de séquençage [Evry]
CV
Stephanie Bocs
Génomique métabolique
CV
Claire Lanaud
  • Fonction : Auteur

Résumé

We sequenced and assembled the draft genome of Theobroma cacao, an economically important tropical-fruit tree crop that is the source of chocolate. This assembly corresponds to 76% of the estimated genome size and contains almost all previously described genes, with 82% of these genes anchored on the 10 T. cacao chromosomes. Analysis of this sequence information highlighted specific expansion of some gene families during evolution, for example, flavonoid-related genes. It also provides a major source of candidate genes for T. cacao improvement. Based on the inferred paleohistory of the T. cacao genome, we propose an evolutionary scenario whereby the ten T. cacao chromosomes were shaped from an ancestor through eleven chromosome fusions.

Domaines

Biologie végétale

Pascale Le Roux  : Connectez-vous pour contacter le contributeur

https://hal.science/hal-00855922

Soumis le : vendredi 30 août 2013-11:01:54

Dernière modification le : lundi 9 septembre 2024-09:10:33

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Dates et versions

hal-00855922 , version 1 (30-08-2013)

Identifiants

Citer

Xavier Argout, Jerome Salse, Jean-Marc Aury, Mark J Guiltinan, Gaetan Droc, et al.. The genome of Theobroma cacao.. Nature Genetics, 2011, 43 (2), pp.101-8. ⟨10.1038/ng.736⟩. ⟨hal-00855922⟩

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