The B73 maize genome: complexity, diversity, and dynamics.
2 CSHL - Cold Spring Harbor Laboratory
3 Department of Genetics [Saint-Louis]
4 EEB - Ecology and Evolutionary Biology [Tucson]
5 Department of Genetics, Development, and Cell Biology
6 Department of Electrical and Computer Engineering [Iowa]
7 UF - University of Florida [Gainesville]
8 Department of Genetics
9 Cornell University [New York]
10 Department of Botany & Plant Pathology [West Lafayette]
11 LGDP - Laboratoire Génome et développement des plantes
12 Department of Agronomy
13 NimbleGen
14 Department of Horticulture
15 LBNL - Lawrence Berkeley National Laboratory [Berkeley]
16 Department of Biological Sciences [West Lafayette]
17 Department of plant Biology
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Résumé
We report an improved draft nucleotide sequence of the 2.3-gigabase genome of maize, an important crop plant and model for biological research. Over 32,000 genes were predicted, of which 99.8% were placed on reference chromosomes. Nearly 85% of the genome is composed of hundreds of families of transposable elements, dispersed nonuniformly across the genome. These were responsible for the capture and amplification of numerous gene fragments and affect the composition, sizes, and positions of centromeres. We also report on the correlation of methylation-poor regions with Mu transposon insertions and recombination, and copy number variants with insertions and/or deletions, as well as how uneven gene losses between duplicated regions were involved in returning an ancient allotetraploid to a genetically diploid state. These analyses inform and set the stage for further investigations to improve our understanding of the domestication and agricultural improvements of maize.
Domaines
- Biochimie [q-bio.BM]
- Biologie moléculaire
- Evolution [q-bio.PE]
- Systématique, phylogénie et taxonomie
- Biologie structurale [q-bio.BM]
- Génomique, Transcriptomique et Protéomique [q-bio.GN]
- Réseaux moléculaires [q-bio.MN]
- Biologie cellulaire
- Bio-Informatique, Biologie Systémique [q-bio.QM]
- Bio-informatique [q-bio.QM]
- Amélioration des plantes
- Génétique des plantes
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