Les proliférations d'algues toxiques, notamment de cyanobactéries, dans les milieux aquatiques se rencontrent, en France, sur l'ensemble du territoire et constituent un risque réel pour la santé publique, principalement lorsque les plans d'eau sont utilisés pour l'alimentation en eau potable ou pour des activités de loisirs aquatiques. La prise en compte de ce risque pour la santé publique nécessite un renforcement de la surveillance des plans d'eau et justifie le développement de systèmes d'alerte automatisés permettant de se prémunir contre les situations de crise. Dans cet article, seront rappelées les principales caractéristiques des cyanobactéries et des toxines qu'elles produisent. Un prototype de système d'alerte développé dans le cadre du projet SACYTOX sur le site d'étude du lac du Bourget sera ensuite présenté. L'architecture du système d'alerte repose sur deux types de capteurs et sur un modèle unidimensionnel vertical. L'approche de modélisation prédictive sera illustrée par des résultats de prévision portant sur deux périodes de l'été 2002, durant lesquelles la dynamique des cyanobactéries est très différente.