Les réseaux phylogénétiques permettent d'enrichir le modèle arboré de l'évolution, en insérant dans l'arbre du vivant des arêtes entre branches, pour intégrer l'information des échanges de matériel génétique. De nombreuses approches combinatoires ont été conçues pour les reconstruire à partir de données extraites de plusieurs arbres de gènes contradictoires. Nous décrirons des méthodes de reconstruction à partir d'ensembles de triplets, de quadruplets, ou de clades, basées sur des outils de décomposition de graphes, et qui supposent l'existence d'une structure arborée sous-jacente. Puis nous présenterons des limites de ces méthodes combinatoires (explosion de complexité, restrictions du modèle de réseau utilisé, ambiguïté des données). Ceci incite à concevoir de nouvelles approches, mêlant combinatoire et statistiques.