ASTD: The Alternative Splicing and Transcript Diversity database. - Archive ouverte HAL Accéder directement au contenu
Article Dans Une Revue Genomics / Physiol Genomics Année : 2009

ASTD: The Alternative Splicing and Transcript Diversity database.

Gautier Koscielny
  • Fonction : Auteur
Vincent Le Texier
  • Fonction : Auteur
Chellappa Gopalakrishnan
  • Fonction : Auteur
Vasudev Kumanduri
  • Fonction : Auteur
Jean-Jack Riethoven
  • Fonction : Auteur
Francesco Nardone
  • Fonction : Auteur
Eleanor Stanley
  • Fonction : Auteur
Christine Fallsehr
  • Fonction : Auteur
Oliver Hofmann
  • Fonction : Auteur
Meelis Kull
  • Fonction : Auteur
Eoghan Harrington
  • Fonction : Auteur
Stéphanie Boué
  • Fonction : Auteur
Eduardo Eyras
  • Fonction : Auteur
Mireya Plass
  • Fonction : Auteur
Fabrice Lopez
William Ritchie
Virginie Moucadel
  • Fonction : Auteur
Takeshi Ara
  • Fonction : Auteur
Heike Pospisil
  • Fonction : Auteur
Alexander Herrmann
  • Fonction : Auteur
Jens G Reich
  • Fonction : Auteur
Roderic Guigó
  • Fonction : Auteur
Peer Bork
  • Fonction : Auteur
Magnus von Knebel Doeberitz
  • Fonction : Auteur
Jaak Vilo
  • Fonction : Auteur
Winston Hide
  • Fonction : Auteur
Rolf Apweiler
  • Fonction : Auteur
Thangavel Alphonse Thanaraj
  • Fonction : Auteur

Résumé

The Alternative Splicing and Transcript Diversity database (ASTD) gives access to a vast collection of alternative transcripts that integrate transcription initiation, polyadenylation and splicing variant data. Alternative transcripts are derived from the mapping of transcribed sequences to the complete human, mouse and rat genomes using an extension of the computational pipeline developed for the ASD (Alternative Splicing Database) and ATD (Alternative Transcript Diversity) databases, which are now superseded by ASTD. For the human genome, ASTD identifies splicing variants, transcription initiation variants and polyadenylation variants in 68%, 68% and 62% of the gene set, respectively, consistent with current estimates for transcription variation. Users can access ASTD through a variety of browsing and query tools, including expression state-based queries for the identification of tissue-specific isoforms. Participating laboratories have experimentally validated a subset of ASTD-predicted alternative splice forms and alternative polyadenylation forms that were not previously reported. The ASTD database can be accessed at http://www.ebi.ac.uk/astd.

Dates et versions

hal-00529496 , version 1 (25-10-2010)

Identifiants

Citer

Gautier Koscielny, Vincent Le Texier, Chellappa Gopalakrishnan, Vasudev Kumanduri, Jean-Jack Riethoven, et al.. ASTD: The Alternative Splicing and Transcript Diversity database.. Genomics / Physiol Genomics, 2009, 93 (3), pp.213-20. ⟨10.1016/j.ygeno.2008.11.003⟩. ⟨hal-00529496⟩
118 Consultations
0 Téléchargements

Altmetric

Partager

Gmail Facebook X LinkedIn More