L'abondance des communautés de la boucle microbienne (virus, bactéries hétérotrophes, nanoflagellés non pigmentés et nanoflagellés pigmentés), la production primaire phytoplanctonique totale (TPP) et excrétée (EPP), la production bactérienne (BP), ainsi que l'activité lytique virale (LA) et l'activité bactérivore des nanoflagellés hétérotrophes (FG) ont été estimées, les 15 et 16 juin 1998, dans un lac oligomésotrophe de moyenne montagne (Lac Pavin), à 5 et 10 m de profondeur. Au cours de cette étude, quelle que soit la profondeur, les pertes bactériennes moyennes liées à la lyse virale (LA5 m = 1,7 x 106 cellules.l-1.h-1, LA10 m = 2,0 x 106 cellules.l-1.h-1) étaient, en moyenne, inférieures à celles dues au broutage des flagellés phagotrophes (FG5 m = 10,3 x 106 cellules.l-1.h-1, FG10m = 8,4 x 106 cellules.l-1.h-1). Le bilan estimé des flux de carbone indique qu'en moyenne 17,8 % du carbone issu de la TPP (soit 38,1 % de la EPP) a été utilisé par les bactéries. Par ailleurs, en moyenne 52,7 % de la BP (soit 2,15 % de la TPP) a été consommé par le biais de la prédation des nanoflagellés, alors que 11,0 % de la BP (soit 0,45% de la TPP) a été détruit par la lyse virale.