Le darwinisme n'a commencé à être accepté en France qu'à partir de l'émergence de la génétique des populations. Deux sciences nouvelles, l'anthropologie et la linguistique s'y opposent. En bactériologie, Bordier rapproche Darwin de Pasteur : les variations des bactéries dans leur milieu sont comparées à une microévolution à l'échelle humaine, bien qu'au laboratoire il s'agisse de sélection artificielle. En fait, le pastorisme est plutôt compris comme un lamarckisme (tendance au progrès par la variation du milieu). Le darwinisme n'a pas été entendu par Pasteur concernant l'immunité car il la considérait comme une propriété négative. Le darwinisme est entré à l'Institut Pasteur avec Metchnikoff qui a étudié l'immunité à travers la phagocytose chez de nombreuses espèces (dimension zoologique) et la genèse embryonnaire des phagocytes. (période où Haeckel postule que l'ontogenèse récapitule la phylogenèse).