Experimental and theoretical evaluation of typing methods based upon random amplification of genomic restriction fragments (AFLP) for bacterial population genetics
Résumé
The reliability and the level of taxonomie resolution of the amplified fragment length polymorphism (AFLP) method were evaluated with species of patho-genic bacteria involved in human, animal and plant diseases. The method was found to be very versatile as it can be adapted to the individual genome constraints of all tested species. The calculation of a genetic distance d corresponding to the average dissimilarity between actual overall genome sequences was proposed for comparing AFLP data. Bacterial models showed clearly different patterns between strains be-longing to different genomic species, while patterns were clearly similar within a given species. The threshold which distinguishes between inter and infra-specific distances indicates a critical overall genome diversity of about 14% (d = 0.14). AFLP had more resolution power than serology, phage typing, PFGE and restriction analysis of ribosomal intergenic spacers. In the latter case, regression analysis showed that PCR-RFLP of ribosomal intergenic spacers can only be used to differentiate bacteria which have at least 3.4% (d — 0.034) nucleotide differences between their respec-tive genomes. Finally, an improved procedure using newly developed software was also proposed in order to standardize the capture of reliable data and their numeric treatment for the future development of AFLP data bases.
La reproductibilité et Ie niveau de resolution taxo-nomique de ramplification aléatoire de fragments de restriction (AFLP) ont été éval-ués avec divers modèles pathogènes de l’homme, des animaux et des plantes. La methode est tres adaptable et peut être modifiée en fonction des particularités génomiques de chaque espèce. La différence nucléotidique moyenne réelle entre les genomes est une mesure de la distance génomique entre bactéries qui peut être estimée a partir de l’AFLP. Cette mesure permet la comparaison de données AFLP obtenues de fagons différentes. Avec la plupart des modèles, Ie seuil discriminant les distances interdes distances infra-spécifiques correspond a des differences nucléotidiques de l’ordre de 14% (d — 0,14). L’AFLP s’est montrée plus résolutive que la sérologie, la lyso-typie, l’électrophorèse en champs pulsés, et la PCR-RFLP de l’intergène ribosomique. L’analyse montre ainsi que la PCR-RFLP de l’intergène ribosomique permet de dis-tinguer des bactéries présentant au moins 3,4% (d = 0,034) de differences entre leurs genomes respectifs. Une procédure Standard d’aquisition et de traitement numérique des données incluant des logiciels adaptés est également proposée.