Dans le cadre d'une étude sur une maladie génétique commune, la dystrophie valvulaire, nous cherchons à modéliser le déséquilibre de liaison existant entre les SNP proches sur l'ADN. Les modèles graphiques probabilistes apparaissent comme des outils intéressants pour une modélisation fine et biologiquement pertinente des dépendances existantes entre les SNP tant au niveau haplotypique que génotypique. La connaissance des haploblocs sur l'ADN nous permet de rendre compte en partie du déséquilibre de liaison présent localement. Cependant, nous montrons que les dépendances entre SNP appartenant à des haploblocs différents sont aussi présentes. A l'aide des réseaux bayésiens incorporant la connaissance des haploblocs sur l'ADN, nous proposons une méthode de modélisation de l'ensemble des dépendances locales du génome.