Benchmarking RNA secondary structure comparison algorithms
2 CGM - Centre de génétique moléculaire
3 SFU-DMG - SFU Discrete Mathematics Group
4 LRI - Laboratoire de Recherche en Informatique
5 IGM - Institut de génétique et microbiologie [Orsay]
6 PIMS - Pacific Institute for the Mathematical Sciences
7 TAGC - Technologies avancées pour le génôme et la clinique
8 MAEM - Maturation des ARN et enzymologie moléculaire
9 LIFL - Laboratoire d'Informatique Fondamentale de Lille
10 HELIX - Computer science and genomics
11 SEQUOIA - Sequential Learning
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Résumé
In the last ten years, several tools have been proposed for RNA secondary structure pairwise comparison. These tools use different models (ordered tree or forest, arc annotated sequence, multi-level tree) and methods (edit distance, alignment). We present a first benchmark for comparing these tools. For various RNA families, we built two sets of secondary structures. The first, called the reference set, is composed of a small number of RNAs with their known structures. The second is composed of sequences folded using Mfold and RNAshapes. Some of these sequences correspond to structural RNAs of the same families (true events), other correspond to noise. We studied the ability of each tool to find the true events using the reference set. In particular we analysed the results in terms of sensibility/specificity, distribution and spread of the scores, and computation time.