The draft genome of Ciona intestinalis: Insights into Chordate and Vertebrate Origins
Paramvir Dehal
,
Yutaka Satou
(1)
,
Robert Campbell
(2)
,
Jarrod Chapman
(3)
,
Bernard Degnan
(4)
,
Anthony de Tomaso
(5)
,
Brad Davidson
,
Anna Di Gregorio
(6)
,
Maarten Gelpke
,
David Goodstein
(3)
,
Naoe Harafuji
,
Kenneth Hastings
,
Isaac Ho
(3)
,
Kohji Hotta
,
Wayne Huang
(3)
,
Takeshi Kawashima
,
Patrick Lemaire
(7)
,
Diego Martinez
(8)
,
Ian Meinertzhagen
,
Simona Necula
,
Masaru Nonaka
,
Nik Putnam
,
Sam Rash
,
Hidetoshi Saiga
,
Masanobu Satake
,
Astrid Terry
(3)
,
Lixy Yamada
,
Hong-Gang Wang
,
Satoko Awazu
(9)
,
Kaoru Azumi
,
Jeffrey Boore
(10)
,
Margherita Branno
,
Stephen Chin-Bow
,
Rosaria Desantis
,
Sharon Doyle
,
Pilar Francino
,
David Keys
,
Shinobu Haga
,
Hiroko Hayashi
,
Kyosuke Hino
,
Kaoru Imai
,
Kazuo Inaba
,
Shungo Kano
,
Kenji Kobayashi
,
Mari Kobayashi
,
Byung-In Lee
,
Kazuhiro Makabe
,
Chitra Manohar
,
Giorgio Matassi
,
Monica Medina
,
Yasuaki Mochizuki
,
Steve Mount
,
Tomomi Morishita
,
Sachiko Miura
,
Akie Nakayama
,
Satoko Nishizaka
,
Hisayo Nomoto
,
Fumiko Ohta
,
Kazuko Oishi
,
Isidore Rigoutsos
,
Masako Sano
,
Akane Sasaki
,
Yasunori Sasakura
,
Eiichi Shoguchi
,
Tadasu Shin-I
,
Antoinetta Spagnuolo
,
Didier Stainier
,
Miho Suzuki
,
Olivier Tassy
,
Naohito Takatori
,
Miki Tokuoka
,
Kasumi Yagi
,
Fumiko Yoshizaki
,
Shuichi Wada
,
Cindy Zhang
,
P. Douglas Hyatt
,
Frank Larimer
,
Chris Detter
,
Norman Doggett
,
Tijana Glavina
,
Trevor Hawkins
,
Paul Richardson
,
Susan Lucas
,
Yuji Kohara
,
Michael Levine
,
Nori Satoh
,
Daniel Rokhsar
1
Kyoto University
2 Independent Author
3 JGI - Joint Genome Institute
4 Centre for Marine Science, School of Biological Sciences, University of Queensland
5 MCDB-UCSB - Department of Molecular, Cellular and Develomental Biology [Santa Barbara]
6 New York University College of Dentistry
7 IBDM - Institut de Biologie du Développement de Marseille
8 DOE - Department of Energy / Joint Genome Institute
9 Shimoda Marine Research Center
10 Genome Project Solutions
2 Independent Author
3 JGI - Joint Genome Institute
4 Centre for Marine Science, School of Biological Sciences, University of Queensland
5 MCDB-UCSB - Department of Molecular, Cellular and Develomental Biology [Santa Barbara]
6 New York University College of Dentistry
7 IBDM - Institut de Biologie du Développement de Marseille
8 DOE - Department of Energy / Joint Genome Institute
9 Shimoda Marine Research Center
10 Genome Project Solutions
Paramvir Dehal
- Fonction : Auteur
Brad Davidson
- Fonction : Auteur
Maarten Gelpke
- Fonction : Auteur
Naoe Harafuji
- Fonction : Auteur
Kenneth Hastings
- Fonction : Auteur
Kohji Hotta
- Fonction : Auteur
Takeshi Kawashima
- Fonction : Auteur
Patrick Lemaire
- Fonction : Auteur
- PersonId : 750586
- IdHAL : patrick-lemaire
- ORCID : 0000-0003-4925-2009
- IdRef : 059759240
Ian Meinertzhagen
- Fonction : Auteur
Simona Necula
- Fonction : Auteur
Masaru Nonaka
- Fonction : Auteur
Nik Putnam
- Fonction : Auteur
Sam Rash
- Fonction : Auteur
Hidetoshi Saiga
- Fonction : Auteur
Masanobu Satake
- Fonction : Auteur
Lixy Yamada
- Fonction : Auteur
Hong-Gang Wang
- Fonction : Auteur
Kaoru Azumi
- Fonction : Auteur
Margherita Branno
- Fonction : Auteur
Stephen Chin-Bow
- Fonction : Auteur
Rosaria Desantis
- Fonction : Auteur
Sharon Doyle
- Fonction : Auteur
Pilar Francino
- Fonction : Auteur
David Keys
- Fonction : Auteur
Shinobu Haga
- Fonction : Auteur
Hiroko Hayashi
- Fonction : Auteur
Kyosuke Hino
- Fonction : Auteur
Kaoru Imai
- Fonction : Auteur
Kazuo Inaba
- Fonction : Auteur
Shungo Kano
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Kenji Kobayashi
- Fonction : Auteur
Mari Kobayashi
- Fonction : Auteur
Byung-In Lee
- Fonction : Auteur
Kazuhiro Makabe
- Fonction : Auteur
Chitra Manohar
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Giorgio Matassi
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Monica Medina
- Fonction : Auteur
Yasuaki Mochizuki
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Steve Mount
- Fonction : Auteur
Tomomi Morishita
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Sachiko Miura
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Akie Nakayama
- Fonction : Auteur
Satoko Nishizaka
- Fonction : Auteur
Hisayo Nomoto
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Fumiko Ohta
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Kazuko Oishi
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Isidore Rigoutsos
- Fonction : Auteur
Masako Sano
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Akane Sasaki
- Fonction : Auteur
Yasunori Sasakura
- Fonction : Auteur
Eiichi Shoguchi
- Fonction : Auteur
Tadasu Shin-I
- Fonction : Auteur
Antoinetta Spagnuolo
- Fonction : Auteur
Didier Stainier
- Fonction : Auteur
Miho Suzuki
- Fonction : Auteur
Olivier Tassy
- Fonction : Auteur
Naohito Takatori
- Fonction : Auteur
Miki Tokuoka
- Fonction : Auteur
Kasumi Yagi
- Fonction : Auteur
Fumiko Yoshizaki
- Fonction : Auteur
Shuichi Wada
- Fonction : Auteur
Cindy Zhang
- Fonction : Auteur
P. Douglas Hyatt
- Fonction : Auteur
Frank Larimer
- Fonction : Auteur
Chris Detter
- Fonction : Auteur
Norman Doggett
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Tijana Glavina
- Fonction : Auteur
Trevor Hawkins
- Fonction : Auteur
Paul Richardson
- Fonction : Auteur
Susan Lucas
- Fonction : Auteur
Yuji Kohara
- Fonction : Auteur
Michael Levine
- Fonction : Auteur
Nori Satoh
- Fonction : Auteur
Daniel Rokhsar
- Fonction : Auteur
Résumé
The first chordates appear in the fossil record at the time of the Cambrian explosion, nearly 550 million years ago. The modern ascidian tadpole represents a plausible approximation to these ancestral chordates. To illuminate the origins of chordate and vertebrates, we generated a draft of the protein-coding portion of the genome of the most studied ascidian, Ciona intestinalis . The Ciona genome contains ∼16,000 protein-coding genes, similar to the number in other invertebrates, but only half that found in vertebrates. Vertebrate gene families are typically found in simplified form in Ciona , suggesting that ascidians contain the basic ancestral complement of genes involved in cell signaling and development. The ascidian genome has also acquired a number of lineage-specific innovations, including a group of genes engaged in cellulose metabolism that are related to those in bacteria and fungi.
Domaines
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