El pino canario (Pinus canariensis) constituye la especie dominante de uno de los principales ecosistemas forestales de las Islas Canarias. En este archipiélago, los pinares están formados por un mosaico de áreas naturales (supervivientes de la explotación pasada) y plantaciones que se han realizado a partir del año 1940. La viabilidad de de estas formaciones artificiales depende en cierta medida de de la variabilidad de su acervo genético. En este trabajo se estudió la diversidad genética a lo largo de un transecto trazado entre dos masas forestales naturales conectadas por un área reforestada de pino canario. Se analizaron: 1) árboles adultos de las masas naturales, 2) árboles plantados de las reforestaciones y 3) regenerado natural dentro de las plantaciones con ocho microsatélites nucleares y ocho microsatélites de cloroplasto. Se detectó una reducción significativa de diversidad genética con los marcadores de cloroplasto de las masas artificiales con respecto a las masas naturales. El genoma del cloroplasto, al tener un tamaño efectivo poblacional menor, resulta más sensible para detectar efectos de los métodos silviculturales que aumenten la deriva genética. Cuando se compararon los árboles plantados con el regenerado natural se observó un incremento significativo de diversidad genética tanto en los marcadores nucleares como de cloroplasto. Este incremento se interpreta como un enriquecimiento debido al flujo genético desde los pinares naturales colindantes. Estos resultados se interpretan en el contexto específico de las parcelas estudiadas.