Hdr Année : 2024

La génomique comparée à l’ère de la pangénomique : méthodes, analyses et services en génomique microbienne

Résumé

Les procaryotes, regroupant les bactéries et les archées, constituent un domaine fascinant du vivant, représentant une diversité et une ubiquité remarquables. Leur impact sur la biosphère est immense, influençant la santé humaine et animale, les biogéochimies des sols et des océans, et bien plus encore. L’exploration à grande échelle des génomes microbiens a permis de décrypter les mécanismes moléculaires qui sous-tendent la vie et la diversité de ces organismes.

Aujourd’hui, plus de deux millions de génomes procaryotes sont disponibles dans la base de données publique GenBank. Cette manne de données offre des perspectives inédites pour la recherche, permettant d'explorer la diversité, l'évolution, la physiologie et les interactions des procaryotes. Cette volumétrie vertigineuse est devenue très complexe à stocker, à traiter et à analyser pour les bioinformaticiens. Pour répondre à ce challenge de nouvelles méthodes exploitant leconcept de pangénome ont émergé. Dans ce contexte, ce mémoire retrace mes travaux de recherche académiques en génomique microbienne. Mes recherches sont axées sur l’étude de la dynamique des génomes bactériens et plus particulièrement sur l’analyse des régions de plasticité génomique. Je présente les recherches méthodologiques en pangénomique réalisées au sein de l’équipe LABGeM qui ont conduit au développement des suites logicielles PPanGGOLiN, PANORAMA et de la ressource de pangénomes PanGBank. Je présente également les activités de management, de service et de formation que j’exerce au sein de la plateforme MicroScope. Pour conclure, j'expose les orientations de recherche qui guideront mes travaux dans les années à venir. Celles-ci se concentreront sur le développement d'outils et de bases de données pour la pangénomique comparée.

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Dates et versions

tel-05019191 , version 1 (03-04-2025)

Identifiants

  • HAL Id : tel-05019191 , version 1

Citer

Alexandra Calteau. La génomique comparée à l’ère de la pangénomique : méthodes, analyses et services en génomique microbienne. Bio-Informatique, Biologie Systémique [q-bio.QM]. Université paris saclay, 2024. ⟨tel-05019191⟩
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