Dans l’estuaire de la Loire, le cycle de vie de l’éperlan Osmerus eperlanus est étroitement lié aux conditions hydrodynamiques, qui varient en fonction des saisons (débit fluvial) et des marées. La variabilité de ces facteurs abiotiques, qui influence la distribution spatio-temporelle des espèces, complique l’échantillonnage des populations de poissons. Cette thèse aborde les problématiques générales de l’échantillonnage écologique en milieu estuarien et décrit les stratégies employées dans la Loire (chalutages expérimentaux, etc.), en soulignant les défis techniques et les contraintes naturelles rencontrés lors de l’élaboration des plans d’échantillonnage. L’analyse des données collectées a permis : De modéliser la croissance de l’éperlan, qui est rapide et décrite avec précision par une courbe de croissance de von Bertalanffy modifiée, tenant compte du ralentissement marqué durant l’hiver. D’étudier ses modalités de reproduction, qui a lieu une fois par an (fin février, début mars) après une migration en amont d’environ 80 km, atteignant la limite d’influence des marées en eau douce. D'examiner son régime alimentaire carnassier, composé principalement de copépodes, mysidacés, gammares, crevettes grises et quelques poissons. D’analyser la dynamique de son exploitation, en calculant les mortalités (naturelle et due à la pêche) ainsi que les équations de rendement par recrue et de fécondité relative, montrant que bien que l’éperlan ne soit pas exploité commercialement, il est impacté par diverses interventions humaines sur l’environnement estuarien. Enfin, à la lumière de ces résultats, grâce à des analyses multidimensionnelles et des indices d’abondance, l’éperlan est replacé dans le contexte plus large du système écologique estuarien. Il est ainsi démontré que l’éperlan est une espèce représentative de la communauté ichtyologique bentho-démersale caractéristique des estuaires européens.