Après une course d'endurance, le patron de récupération fonctionnelle est décrit comme biphasique, étant caractérisé par des déficits fonctionnels immédiats, suivis d'une récupération partielle à 2 h, avant de nouveaux déficits 1 à 2 jours plus tard ne s'atténuant que progressivement sur plusieurs jours. En raison du potentiel effet protecteur des hormones œstrogènes, notamment au niveau musculaire, les femmes pourraient mieux résister à la fatigue et récupérer plus rapidement. La littérature s’est néanmoins focalisée sur la récupération des hommes et principalement en phase aiguë. La phase retardée se caractérise pourtant par un phénomène inflammatoire lié à la régénérescence des microlésions musculaires causées par la course. Cette phase s’accompagne de courbatures musculaires qui disparaissent avant que la récupération ne soit complète, ce qui constitue un risque potentiellement accru de blessure à la reprise de la pratique. L’objectif principal de ce travail de thèse était d’établir et de comparer la cinétique de récupération structurale et fonctionnelle de coureurs féminins et masculins après une course d’endurance de 20 km avec dénivelé. Nos résultats soulignent l‘interaction entre le sexe et le test d’évaluation utilisé. Les femmes ont présenté plus de courbatures et d’altérations structurales (tant à l’échographie que par imagerie par résonance magnétique) des muscles ischio-jambiers que les hommes. Par contre, leurs déficits fonctionnels étaient moindres et leur récupération plus précoce dans certains tests. Ce travail souligne la faiblesse des liens entre les altérations structurales et les déficits fonctionnels, autant que la richesse des ajustements neuromusculaires en situations dynamiques pluri-articulaires et musculaires. Les différences fonctionnelles observées entre les sexes semblent fortement influencées par l’organisation spécifique des synergies musculaires propres à chaque sexe.