L’évolution du génome est la source de la majorité de la variabilité phénotypique transmissible observée entre individus et entre espèces. Au cours des dernières années, l’avancée des technologies de séquençage a rendu possible l’exploration et la comparaison des génomes de nombreuses espèces pour éclairer les mécanismes par lesquels l’évolution façonne les génomes de vertébrés, mais aussi à quel degré ces génomes sont similaires au nôtre. L’observation montre que les génomes de vertébrés évoluent à de multiples échelles, de la substitution de base aux réarrangements à large échelle de la structure des chromosomes, et toutes ces changements sont susceptibles de modifier fonctionnellement les gènes ou leurs programmes d’expression. Au cours de ma carrière scientifique, j’ai étudié l’évolution des génomes de vertébrés à travers différents clades, échelles de temps et niveaux de résolution pour mieux comprendre comment ces changements génomiques permettent l’apparition d’innovations évolutives. Cette these d’habilitation résume mes travaux sur l’évolution de l’organisation du génome chez les poisons paleopolyploïdes et chez les vertébrés, ainsi que sur l’évolution de l’expression des gènes chez les mammifères et les poissons. Depuis septembre 2021, je dirige le groupe Génomique Fonctionnelle Comparative à l’Institut Pasteur. Dans la dernière section du manuscrit, je discute des directions futures de mon laboratoire pour illuminer les mécanismes fonctionnels d’innovations évolutives chez les primates et d’autres groupes de mammifères.