Une approche originale de reconstruction phylogénétique à partir de l’organisation de gé- nomes entiers dans un contexte cladistique est proposée. Cette approche se fonde sur la com- paraison globale de l’organisation des génomes étudiés, sans hypothèses a priori sur les remaniements. Deux codages sont proposés : « Position relative » et « Jonctions », avec deux options différentes. Ces possibilités de codage sont analysées et comparées avec le codage « Jonctions signées » de Cosner et al. ; ils permettent de représenter l’ordre d’unités fonctionnelles le long des chromosomes, les unités fonctionnelles pouvant être des gènes ou des segments chromosomiques homologues par exemple. Le codage « Position relative » regroupe trois types de caractères : des caractères de position, d’orientation et de présence/absence des unités. Le codage jonction est basé sur des caractères binaires : polarité d’unité, présence/absence d’unités et de jonctions d’unités. Le codage « Jonctions signées » est un codage entièrement fondé sur la présence/absence de jonctions signées. Ce dernier présente l’avantage de prendre en compte l’orientation et la position simultanément. Par contre, le codage « Position relative » permet de reconstituer les génomes ancestraux a posteriori, ce qui est d’un grand intérêt pour l’interprétation de l’évolution du génome. Le génome mitochondrial des métazoaires ainsi que les chromosomes du genre Mastomys ont été analysés avec succès au moyen des trois codages.