RACINE: a multi-image serial cutting numerical analysis system. Application to the characterization of muscle fibers.
RACINE: un système d'analyse multi-images de coupes sériées. Application à la caractérisation de fibres musculaires.
Résumé
We present the realization of a multi-image analysis system of serial sections. This allows the quantitative characterization of muscle fibers in two steps: 1) the individualization of the fibers on a reference staining 2) the monitoring of the fibers on the other stainings of the set of serial sections in order to carry out the typing of the fibers and measure various additional parameters. To perform these tasks, primitive extraction, registration and image matching algorithms have been developed and constitute the core of the root software. As this software is intended for biologists who are not specialists in computing and image processing, a user interface has been developed that makes program and data management transparent. Finally, two applications to the characterization of pork muscle fibers enhance the design of this software and present its potential.
On présente la réalisation d'un système d'analyse multi-images de coupes sériées. Celui-ci permet la caractérisation quantitative de fibres musculaires en deux étapes: 1) l'individualisation des fibres sur une coloration de référence 2) le suivi des fibres sur les autres colorations du jeu de coupes sériées afin de réaliser le typage des fibres et de mesurer différents paramètres supplémentaires. Pour effectuer ces taches, des algorithmes d'extraction de primitives, de recalage et de mise en correspondance d'images ont été développées et constituent le noyau du logiciel racine. Ce logiciel étant destiné à des biologistes non-spécialistes de l'informatique et du traitement d'images, une interface utilisateurs rendant transparente la gestion des programmes et des données a été développée. Enfin, deux applications à la caractérisation des fibres musculaires du porc valorisent la conception de ce logiciel et en présentent les potentialités.