Les métissages génétiques sont un mécanisme essentiel de l'évolution biologique de nombreuses espèces, dont Homo sapiens. Dans cette Habilitation à Diriger des Recherches, nous étudions les Histoires de Métissages dans les populations humaines, de la théorie de la génétique des populations à l'analyse de données, en passant par l'échantillonnage anthropologique sur le terrain et le développement de méthodes statistiques. Le Chapitre 1 se concentre sur la manière dont les diverses catégorisations anthropologiques des individus en populations sont à la base de la conception des études en anthropologie génétique, et comment elles influencent les protocoles d'échantillonnage et les choix méthodologiques en génétique des populations. Pour illustrer cela, nous décrivons comment nous avons construit, depuis 2005, des projets interdisciplinaires visant à reconstituer, respectivement, l'histoire évolutive des populations d’Afrique Centrale, et les histoires de métissages génétiques et linguistiques au Cap Vert. Nous approfondissons ensuite les questions éthiques et déontologiques en sciences anthropologiques, émergeant au carrefour entre la collecte de données anthropologiques, la protection de la confidentialité des données et la Science Ouverte. Enfin, nous proposons des perspectives sur les défis de catégorisation à l'ère de la paléogénomique humaine. Le Chapitre 2 résume les méthodes déployées et les résultats obtenus sur l'histoire démographique et évolutive des populations d’Afrique Centrale catégorisées en dits « Pygmées » et voisins « non-Pygmées » selon des critères historiques et ethnologiques complexes. Nous montrons comment des processus de métissages asymétriques et liés au genre, et des processus de sélection naturelle liés aux métissages, ont façonné les diversités génétiques et phénotypiques observées dans le Bassin du Congo. Le Chapitre 3 présente un modèle théorique général de l’histoire des métissages dans les populations hybrides. Nous montrons analytiquement que les processus de métissages complexes laissent une signature identifiable dans la distribution des proportions de métissages génétiques entre individus. Le Chapitre 4 présente le simulateur de données génétiques « foward-in-time » et le calculateur de statistiques résumées implémentés dans le logiciel MetHis. Il est spécialement conçu pour être couplé au méthodes « d’Approximate Bayesian Computation » en apprentissage-machine par Forêt Aléatoire pour le choix de scénarios et par Réseau de Neurones pour l’estimation des paramètres a posteriori, et qui permettent de reconstruire des histoires très complexes de métissages à partir de données génétiques. Dans le Chapitre 5, nous déployons cette nouvelle méthode afin de reconstruire les histoires détaillées des métissages génétiques au Cap Vert, première colonie européenne de peuplement en Afrique subsaharienne fondée dans les années 1460. Nous montrons comment l'évolution des relations socioculturelles entre les communautés d’esclaves et de non-esclaves entre le début de la traite esclavagiste transatlantique au XVe siècle et l'abolition de l'esclavage au milieu du XIXe siècle, a influencé divers processus de métissages entre Européens et Africains dans tout l'archipel. Enfin, nous présentons un paradigme interdisciplinaire de génétique et linguistique des populations, et les méthodes statistiques associées, pour reconstruire conjointement les histoires de métissages génétiques et linguistiques des locuteurs kriolu capverdien, en utilisant des données génétiques et linguistiques collectées auprès des mêmes individus. Dans l’ensemble, ce travail interdisciplinaire entre anthropologie culturelle, linguistique et génétique des populations montre comment des histoires complexes de métissages, profondément influencées par des processus socioculturels eux-aussi complexes, ont façonné la diversité génétique et culturelle des populations humaines.