CONTEXTE: Au Tchad, le paludisme demeure le premier motif de consultation dans les formations sanitaires avec une morbidité annuelle de 35,39% et une mortalité de 51%. Les enfants de moins de cinq (5) ans et les femmes enceintes en paient le lourd tribut. Pour réduire la charge de morbidité et de mortalité, la chimio-prévention du paludisme saisonnier (CPS) chez les enfants de 3 à 59 mois a été adoptée en 2013. Depuis lors, aucune évaluation d'impact n'a été réalisée et aucun modèle d’évaluation n’a été proposé. Le but de notre travail, était de modéliser l'impact de cette stratégie novatrice, sur la morbidité et la mortalité dues au paludisme chez les enfants de moins de cinq ans au Tchad. METHODES: Il s’agit d’une etude quasi-experimentale du type « Ici-Ailleurs » et « Avant –Après », non randomisée, multicentrique et contrôlée sur huit (8) districts sanitaires dont quatre participants au programme de traitement (DSP) et quatre autres non participants en 2015 (DSNP) tirés aléatoirement. Les données sont issues respectivement, du système d’information sanitaire, des stations météorologiques et synoptiques de la Direction Nationale de la Météorologie Nationale et la télédétection. Nous avons recouru respectivement à l’analyse des séries temporelles, la méthode de double différence à effets fixes, le panel spatial et le balayage spatial de Kulldorff utilisant le modèle de Poisson discret aux différentes étapes de la modélisation temporelle et spatio-temporelle de l’incidence et de la mortalité dues au paludisme chez les enfants de moins de cinq (5) ans. RESULTATS: Dans les Districts Sanitaires Participants (DSP), le taux d’incidence du paludisme a été modélisé en AR(1) avec une tendance et une saisonnalité. Tandis que le taux de mortalité a été modélisé en AR(2) avec seulement, une saisonnalité. Pour les Districts Sanitaires Non - Participants (DSNP), le modèle ARMA(1,2) avec tendance déterministe et saisonnalité a été retenu pour le taux d’incidence et le modèle AR(1) avec saisonnalité pour le taux de mortalité. L'impact de la stratégie CPS sur le taux d’incidence (respectivement de mortalité) est significativement non nul, c’est à dire que la CPS a entrainé une réduction significative du taux d’incidence, respectivement du taux de mortalité palustre chez les enfants de moins de 5 ans. Les résultats issus des analyses d’autocorrélation spatiale, montrent qu’il est important de prendre en compte, la notion de voisinage et les variables climatologiques et environnementales, dans la modélisation de l’incidence du paludisme au Tchad. L'impact de la Chimioprévention du Paludisme Saisonnier (CPS) mesuré par le modèle à double différence à effets fixes a mis en évidence, une augmentation de l’incidence clinique des cas simple traduisant une amélioration de fréquentation hospitalière de 1,587 ‰ pour épisode fébrile évoquant le paludisme clinique, et une diminution du taux de mortalité hospitalière de 1,494 pour 100.000. Ainsi, la chimioprévention du paludisme saisonnier (CPS) a contribué de manière significative à réduire l’incidence des cas graves de paludisme chez les enfants âgés de 3 à 59 mois et par conséquent, réduisant ainsi les cas graves et la mortalité. Au sein de la famille des Modèles à Erreurs spatiales dits « Spatial Error Model » (SEM), le test de Hausman nous a permis de choisir le modèle à effet fixe en place et lieu du modèle à effet aléatoire. Par ailleurs, nous avons mis en évidence, qu’il existe une corrélation significativement négative, entre l’augmentation du nombre de cycle de traitement CPS et les taux d’incidence du paludisme chez les enfants de moins de cinq (5) ans. Ainsi, l’augmentation du nombre de cycle de traitement CPS d’une unité, se traduit par une baisse du taux d’incidence de 0.33. Le taux d’incidence augmente en pente douce de 0.007 d’un mois à un autre aussi bien chez les participants que les non participants à la CPS traduisant une tendance montrée précédemme dans le modèle ens eries temporelles. Le recours à la technologique géomatique avec sa grande capacité de collecte de donnée, la mise à jour facile des bases de données et son aptitude à la bonne gestion des informations pertinentes telles que celles acquises par télédétection et par récepteurs GPS, couplée aux développements actuels des méthodes statistiques et d’économétrie spatiale dont le panel spatial et le balayage spatial de Kulldorff permet de disposer d’une boite à outils en or, pour l’aide à la décision en santé publique et pour adresser de façon optimale, les questions du contrôle et de l’élimination du paludisme dans une perspective d’équité sociale des politiques publiques, en particulier, dans un contexte de ressources limitées. CONCLUSION: La mise en oeuvre de la chimio-prévention du paludisme saisonnier (CPS) au Tchad a eu comme impact, une augmentation du taux d’incidence du paludisme de 1,587 ‰ dans la tranche d’âge 3 à 59 mois, une réduction de manière significative des cas sévères de paludisme grâce au recours précoce à un traitement efficace et la fréquentation hospitalière, des enfants âgés de 3 à 59 mois se traduisant par une diminution du taux de mortalité de 1,494 pour 100.000.