La gouvernance des universités françaises a été profondément transformée en quelques années par les évolutions qui ont touché l’ensemble du secteur public, conduisant à promouvoir et installer une véritable quête de la performance publique. Le développement d’une culture gestionnaire a conduit les universités françaises à développer des systèmes de contrôle pour répondre aux nouveaux enjeux découlant de ces évolutions. Les dispositifs existants permettent de satisfaire les demandes des autorités de tutelle, mais ne suffisent pas pour aider au pilotage et éclairer la stratégie, tant les objectifs à poursuivre sont ambigus au regard des nombreuses missions des universités et des parties prenantes toutes aussi nombreuses dont il faudrait tenir compte. Les systèmes de contrôle mis en place sont ainsi bien éloignés de la mesure et du pilotage d’une performance globale. Cette thèse montre que si la volonté politique est forte dans l’université, une démarche méthodologique découplant les dimensions de la performance et s’appuyant sur les attentes des parties prenantes rend possible la clarification des objectifs et la conception de systèmes de contrôle apportant aux universités les moyens de piloter leurs activités et évaluer leur performance globale. En prenant l’exemple de la mission développement durable de l’université, une démarche exploratoire utilisant l’étude de cas multiples puis la recherche-intervention, contribue à l'élaboration, dans une université, d’un système de contrôle et de pilotage finalisé par un tableau de bord du développement durable.