Gestion des bases de données biologiques sur grilles de calculs - Archive ouverte HAL Accéder directement au contenu
Thèse Année : 2008

Gestion des bases de données biologiques sur grilles de calculs

Résumé

Since the beginning of the eighties, biological databases have considerably grown. A request on the bases which took only a few minutes can now need several days. Meanwhile, the research community in bioinformatics developped itself and specialised laboratories were created all around the world. Collaboration and exchanges between teams that were sometimes geographically very far from each other led to consider the grid as an adapted solution to the needs in computation power but also to share and distribute the biological data between the researchers. We show the interest of semi-static approaches joining data replications and task scheduling. To this end, we proceeded in three steps : a theoretical analysis, a first validation through simulations, and an implementation on a real platform. The development of this platform led to the conception of a new data manager for the DIET middleware : DAGDA. Beyond its biological applications, this data manager can meet the needs of numerous applications on computational grids
Depuis le début des années 80, les bases de données biologiques n'ont cessé de gagner en volume. Une recherche sur ces bases qui ne prenait que quelques minutes peut désormais nécessiter plusieurs jours. En parallèle, la communauté de recherche en bioinformatique s'est développée et des laboratoires spécialisés sont nés partout dans le monde. La collaboration et l'échange de données entre équipes de recherche parfois géographiquement très éloignées a conduit à considérer la grille comme un moyen adapté à la fois aux nouveaux besoins en terme de puissance de calcul mais aussi comme outil de partage et de distribution des données biologiques entre chercheurs. L'utilisation de la grille pour la recherche en biologie et bioinformatique est un atout considérable, cependant de nouvelles problématiques apparaissent quant `a la gestion des données ainsi que dans l'ordonnancement des tâches qui doit prendre en compte la taille et la disponibilité des données. Cette thèse aborde ces problématiques nouvelles en prenant en compte les spécificités des bases de données biologiques pour une utilisation efficace de la grille. Nous montrons l'intérêt des approches semi-statiques joignant réplications de données et ordonnancement des tâches. Pour cela, nous avons procédé en trois étapes : une analyse théorique, une première validation par simulation et enfin une implantation sur plateforme réelle. La mise en place de la plateforme a mené à la conception d'un nouveau gestionnaire de données pour l'intergiciel DIET : DAGDA. Au-delà des applications de bioinformatique, ce gestionnaire de données peut répondre aux besoins de nombreuses applications portées sur les grilles de calcul
Fichier principal
Vignette du fichier
LeMahec.pdf (7.19 Mo) Télécharger le fichier
Loading...

Dates et versions

tel-00462306 , version 1 (09-03-2010)

Identifiants

  • HAL Id : tel-00462306 , version 1

Citer

Gaël Le Mahec. Gestion des bases de données biologiques sur grilles de calculs. Modélisation et simulation. Université Blaise Pascal - Clermont-Ferrand II, 2008. Français. ⟨NNT : ⟩. ⟨tel-00462306⟩
332 Consultations
1234 Téléchargements

Partager

Gmail Facebook X LinkedIn More