Approches bioinformatiques et structurales des replicases virales - Archive ouverte HAL Accéder directement au contenu
Thèse Année : 2005

Bioinformatics and structural studies of viral replicases

Approches bioinformatiques et structurales des replicases virales

Résumé

Virology is increasingly benefiting from bio-informatics approaches. My thesis project concerns the study of protein sequences from single stranded, negative and positive RNA viruses. I have set up VaZyMolO, a database that deals with proteins at a functional and structural level. Based on similarity, it is a tool that defines and classifies protein modules. This approach contributed to the identification of a methyltransferase domain on L proteins of Mononegavirales, and to the definition of the N and P modularity in Paramyxoviridae. The mapping of the Severe Acute Respiratory Syndrome virus genome using VaZyMolO contributed to the structural definition of the nsp9 protein of this virus. My thesis also presents an analysis of the Flaviviridae polymerases. It combines structural analyses and methods that infer evolutionary relationships. In this latter study, I propose a structural model for the GBV-C polymerase, and suggest a new mechanism of initiation of RNA synthesis.
La virologie bénéficie de plus en plus du développement de la bioinformatique. Mon projet de thèse recouvre la gestion de séquences de protéines se rapportant aux virus à ARN simple brin, de polarité négative et positive. J'ai mis en place une base de données VaZyMolO, qui gère les informations structurales et fonctionnelles des protéines, en définissant et en classant des modules. Cette approche a permis l'identification d'un domaine méthyltransférase sur la protéine L des Mononegavirales, et la définition de la modularité des protéines N et P des Paramyxoviridae. La cartographie du génome du virus du Syndrome Respiratoire Aigue Sévère réalisée à l'aide de VaZyMolO, a contribué à la résolution structurale de la protéine nsp9 de ce virus. Enfin, je présente une étude incluant évolution et analyse structurale des polymérases des Flaviviridae. Dans cette dernière, je propose un modèle de la polymérase du virus GBV-C et un mécanisme d'initiation de la synthèse d'ARN.
Fichier principal
Vignette du fichier
tel-00010419.pdf (73.12 Mo) Télécharger le fichier

Dates et versions

tel-00010419 , version 1 (05-10-2005)
tel-00010419 , version 2 (07-10-2005)

Identifiants

  • HAL Id : tel-00010419 , version 2

Citer

Francois Ferron. Approches bioinformatiques et structurales des replicases virales. Autre [q-bio.OT]. Université de la Méditerranée - Aix-Marseille II, 2005. Français. ⟨NNT : ⟩. ⟨tel-00010419v2⟩
512 Consultations
1606 Téléchargements

Partager

Gmail Facebook X LinkedIn More