RVDB-prot, a reference viral protein database and its HMM profiles [version 2; peer review: 2 approved]

We present RVDB-prot, a database corresponding to the protein equivalent of the nucleic acid reference virus database RVDB. Protein databases can be helpful to perform more sensitive protein sequence comparisons. Similarly to its homologous public repository, RVDB-prot aims to provide reliable and accurately annotated unique entries, while including also an Hidden Markov Model (HMM) protein profiles database for distant protein searching.

Mots clés

virus genomes proteins hmm clusters annotations database

Domaines

Bio-informatique [q-bio.QM] Bio-Informatique, Biologie Systémique [q-bio.QM]

Fichier principal

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Soumis le : mercredi 23 septembre 2020-10:44:12

Dernière modification le : mercredi 30 octobre 2024-21:45:57

Archivage à long terme le : jeudi 3 décembre 2020-15:52:09

Dates et versions

pasteur-02946473 , version 1 (23-09-2020)

Licence

Paternité

Identifiants

HAL Id : pasteur-02946473 , version 1
DOI : 10.12688/f1000research.18776.2

Citer

Thomas Bigot, Sarah Temmam, Philippe Pérot, Marc Eloit. RVDB-prot, a reference viral protein database and its HMM profiles [version 2; peer review: 2 approved]. F1000Research, 2020, 8, pp.530. ⟨10.12688/f1000research.18776.2⟩. ⟨pasteur-02946473⟩

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