Les incertitudes sur la nature juridique réelle des conventions de subventionnement viennent de ce que le juge administratif a pu parfois les requalifier en marchés publics de service ou en délégations de service public. Lorsqu'elle intervient, une telle requalification a évidemment des conséquences importantes pour les parties. Indépendamment de l'irrégularité des subventions versées, elle peut conduire à des poursuites pénales contre les personnes concernées.