La multiplication des agences, phénomène dont la création de l’AEMF n’est qu’une illustration il est vrai notable, soulève quantité de questions. On pressent ici qu’il peut s’avérer difficile de trouver un point d’équilibre satisfaisant entre l’efficacité et l’indépendance des agences, d’une part, et le risque que ces dernières, échappant à tout contrôle, ne versent insensiblement dans l’arbitraire. Telle sont sans doute les raisons qui ont conduit le Royaume-Uni à introduire un recours en annulation à l’encontre du règlement nº 236/2012. Une réaction qui témoigne de la crainte que la création d’une agence puisse affecter l’équilibre institutionnel, favoriser l’émergence d’organes disposant de pouvoirs allant très au-delà de ce que la jurisprudence autorise ou encore soustraire une partie importante de l’action publique aux contrôles sans lesquels il serait vain de parler d’Union de droit.