Combiner la production de Bioénergies avec les technologies de Capture et Stockage du Carbone (BECSC) peut permet d'obtenir des émissions négatives lors de la production de bioéthanol. Cependant, les coûts de l'étape de capture sont très élevés et réduisent la rentabilité. Cet article s'intéresse à deux incertitudes : le progrès technique et le prix du carbone, via une approche par les options réelles. Nous comparons les cas d'un développement rapide ou lent du CSC. Un progrès technique précoce peut découler d'une politique intensive d'investissement dans la Recherche et Développement ou dans des projets pilote, mais les réductions de coûts associées demeurent incertaines. Nous montrons que le progrès technique stimule l'investissement dans les émissions négatives mais pas avant 2030. Dans un deuxième ensemble d'expériences, nous appliquons une subvention qui rémunère les émissions séquestrées plutôt qu'évitées. En d'autres termes, cet instrument économique ne prend pas en compte les émissions indirectes issues de l'ajout de la chaîne CSC elle-même, mais il comptabilise toutes les émissions stockées par le processus. A l'inverse des innovations technologiques, cette subvention est sûre pour l'investisseur. La probabilité d'investissement est beaucoup plus élevée et le projet peut être réalisé avant 2030. Cependant, les émissions négatives dans le domaine des biocarburants via les BECSC ne semblent pas être une solution de court terme dans notre cadre d'étude, qu'elle que soit la tendance de prix testée.