Les organismes interétatiques de bassin internationaux devraient, dans une logique de gestion intégrée des ressources en eau, chapeauter la gouvernance de la gestion de l'eau partagée. En réalité, lorsque ce rôle est prévu par les textes qui les instituent, il existe un décalage important entre ces derniers et une réalité infiniment plus complexe. Beaucoup d'organismes interétatiques de bassin internationaux échouent à jouer leur rôle de directeur de la gestion, un échec dans lequel trois raisons paraissent déterminantes. Premièrement, ils ne sont, dans la plupart des cas, pas dotés des outils leur permettant d'asseoir cette gouvernance, c'est-à-dire de moyens de contrôle a priori et a posteriori pour garantir la mise en œuvre de leurs engagements par les États du bassin. Deuxièmement, lorsque l'organisme de bassin rassemble des États émergents ou en développement, le rôle central joué par les bailleurs de fonds dans la planification des activités et le fonctionnement de ces organismes est un facteur important de dispersion ou de délocalisation du pouvoir décisionnel, que l'on considère l'aide publique au développement ou l'investissement privé. Enfin, le manque de participation directe de toutes les catégories d'usagers de la ressource génère un décalage entre les besoins et les activités, préjudiciable à la légitimité des organismes de bassin.