La loi organique sur les finances publiques du 1er août 2001(entrée en vigueur au 1er janvier 2005) pose la question du positionnement de la Cour des comptes dans l'État. En lui confiant de nouvelles fonctions, le législateur organique augmente considérablement son poids dans la vie politique et institutionnelle. C'est pourquoi, lors du dépôt de son rapport annuel le 1er mars 2005, le premier président de la Cour des comptes a demandé à ce que son institution se rapproche des pouvoirs publics constitutionnels. Or, si sa position d'équidistance vis-à-vis du Parlement et du Gouvernement doit être effectivement précisée, il semble difficile de l'assimiler totalement à un pouvoir public constitutionnel. En revanche, il est possible d'envisager, à l'image de la Cour des comptes de l'Union européenne, un position intermédiaire de « semi-pouvoir public"