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              <p>Anaplasma phagocytophilum (Aph) est une bactérie intracellulaire stricte transmise par les tiques du genre Ixodes, responsable de l’anaplasmose granulocytaire chez l’Homme et les ruminants. La variabilité de la virulence et la diversité des hôtes suggèrent une diversité génétique encore mal caractérisée. L’analyse génomique d’Aph demeure complexe en raison de la difficulté à isoler et cultiver la bactérie, ainsi qu’à séparer son ADN de celui de l’hôte vertébré. Ce projet vise (i) à évaluer la qualité des génomes disponibles dans les bases publiques et (ii) à développer une stratégie de séquençage long-read Oxford Nanopore Technologies (ONT®) permettant d’obtenir des génomes complets et d’origine plus diversifiée. En 2025, nous avons évalué 33 génomes Aph disponibles sur NCBI pour leur fragmentation, leur taille (QUAST) et leur pureté (BLAST, Kraken2). Vingt-neuf présentaient une qualité et une complétude satisfaisantes, tandis que 4 présentaient une contamination importante par des séquences hôtes.Un séquençage ONT d’une souche de source humaine enrichie en culture a permis d’obtenir, après sous-échantillonnage d’une profondeur de séquençage de 100X, un génome complet en un seul contig (~1,5 Mb). Des simulations de profondeurs variables (10X à 100X, 10 réplicas) ont montré qu’une couverture de 30X permettait l’assemblage d’un génome complet équivalent au contrôle. Nous avons également mis en évidence qu’à 20X les génomes étaient de taille attendue malgré une fragmentation plus importante (&amp;gt;5 contigs), et qu’à 10X le génome était fragmenté et incomplet. Les analyses de clustering par k-mer ont révélé que dès 20X, les topologies d’arbre étaient stables, indiquant que cette profondeur est suffisante pour des comparaisons robustes de génomes. Des essais de séquençage réel utilisant la technologie ONT® sur des cultures présentant différents ratios hôte/Aph (1 et 10 %) et utilisant « l’adaptive sampling » pour enrichir en temps réel la fraction d’ADN bactérien ont permis d’atteindre des profondeurs de 7X et 65X. Des optimisations restent nécessaires pour améliorer l’enrichissement et le multiplexage des échantillons. Notre preuve de concept démontre la faisabilité du séquençage ONT® d’Aph à partir d’échantillons faiblement enrichis et ouvre la voie au séquençage de génomes plus diversifiés qui permettront d’approfondir les connaissances épidémiologiques sur Aph.</p>
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