Titre Néandertal et HLA : la signature africaine d’un système immunitaire ancien
Résumé
Chez Neandertal et Denisova, la paléogénétique des groupes sanguins avait révélé une diversité génétique principalement africaine, avec certains allèles rarissimes uniquement retrouvés en Océanie, ainsi qu’une possible pression de sélection virale. Quant à H. sapiens, il conquiert l’Eurasie avec des groupes sanguins déjà dérivés et aujourd’hui répartis en dehors de l’Afrique. Dans cette étude, nous avons testé si cette disparité des groupes sanguins entre les populations archaïques et H. sapiens du Paléolithique Supérieur était visible pour les groupes sanguins du globule blanc : le système HLA. Nous avons sélectionné 5 individus dont les séquences HLA sont de bonne qualité : Denisova 5, Vindija_33.19 et Chagyrskaya_8, Denisova_3 et l’Homo sapiens Ust’-Ishim. Nous avons d’abord cherché l’outil bioinformatique le plus adapté aux génomes anciens en testant 4 approches open access sur 12 contrôles qualité. Deux outils performants et complémentaires ressortent : Optitype, pour les loci de classe I, et T1K, pour ceux de la classe II. Ensuite, nous avons reconstruit les haplotypes HLA anciens avec Haplostat, et déterminé leur répartition dans plus de 1600 populations avec la Allele Frequency Net Database. Les 3 Neandertals presentent des allèles fréquents en Afrique tels que HLA-A*66, A*74, HLA-B*53. Notamment, Denisova 5 présente un haplotype HLA-A*74-B*35-C*04-DR*15-DQ*06 typique des populations sub-sahariennes actuelles. Ust’Ishim porte les haplotypes HLA-A*11-B*40-C*03-DRB1*14-DQB1*05 et HLA-A*26-B*39-C*12-DRB1*04 fréquents en Asie et en Europe de l’Ouest. Enfin, Denisova3 partage des allèles africains avec Neandertal et eurasiatiques avec Ust’-Ishim. Certains, comme HLA-A*11 (Ust-Ishim, Denisova_3) sont aujourd’hui présents à plus de 60% en Asie du Sud et Océanie. Ainsi, nos résultats appuient ceux obtenus pour les groupes sanguins. Ils relient la lignée néandertalienne à l'Afrique et indiquent la formation d’un pool génétique Homo sapiens concomitante voire postérieure à sa sortie d'Afrique. Enfin, nos résultats suggèrent des mécanismes d’introgression sur le locus HLA antérieurs au peuplement de l’Océanie.