Author Correction: Cultivated and wild pearl millet display contrasting patterns of abundance and co-occurrence in their root mycobiome
Résumé
Abstract The assessment of population vulnerability under climate change is crucial for planning conservation as well as for ensuring food security. Coffea canephora is, in its native habitat, an understorey tree that is mainly distributed in the lowland rainforests of tropical Africa. Also known as Robusta, its commercial value constitutes a significant revenue for many human populations in tropical countries. Comparing ecological and genomic vulnerabilities within the species’ native range can provide valuable insights about habitat loss and the species’ adaptive potential, allowing to identify genotypes that may act as a resource for varietal improvement. By applying species distribution models, we assessed ecological vulnerability as the decrease in climatic suitability under future climatic conditions from 492 occurrences. We then quantified genomic vulnerability (or risk of maladaptation) as the allelic composition change required to keep pace with predicted climate change. Genomic vulnerability was estimated from genomic environmental correlations throughout the native range. Suitable habitat was predicted to diminish to half its size by 2050, with populations near coastlines and around the Congo River being the most vulnerable. Whole‐genome sequencing revealed 165 candidate SNPs associated with climatic adaptation in C. canephora , which were located in genes involved in plant response to biotic and abiotic stressors. Genomic vulnerability was higher for populations in West Africa and in the region at the border between DRC and Uganda. Despite an overall low correlation between genomic and ecological vulnerability at broad scale, these two components of vulnerability overlap spatially in ways that may become damaging. Genomic vulnerability was estimated to be 23% higher in populations where habitat will be lost in 2050 compared to regions where habitat will remain suitable. These results highlight how ecological and genomic vulnerabilities are relevant when planning on how to cope with climate change regarding an economically important species.
RESUMEN La dispersión de semillas y polen contribuye al flujo genético y da forma a los patrones genéticos de plantas a escalas espaciales finas. Nosotros inferimos la estructura genética espacial a escala fina (FSGS) y estimamos las distancias de dispersión realizadas en Phytelephas aequatorialis , una palmera neotropical dioica de semillas grandes. Nuestro objetivo fue explorar cómo la dispersión de semillas y polen da forma a este patrón genético en una población focal. Para este propósito, genotipamos 138 plántulas y 99 adultos con 20 marcadores microsatélites recientemente desarrollados. Probamos si la dispersión de semillas mediada por roedores tiene una influencia más fuerte que la dispersión de polen mediada por insectos en la formación de FSGS. También probamos si la dispersión de polen estaba influenciada por la densidad de palmas macho alrededor de las palmas madre para explorar más a fondo este proceso ecológico en plantas de semillas grandes. La dispersión mediada por roedores de estas semillas grandes se produjo principalmente a distancias cortas (media de 34.76 ± 34.06 m), mientras que las distancias de dispersión del polen fueron dos veces mayores (media de 67.91 ± 38.29 m). La extensión espacial de FSGS hasta 35 m y el hecho de que la dispersión de semillas no aumentó la distancia a la que se dispersan los alelos masculinos sugiere que la dispersión de semillas espacialmente limitada es el factor principal que da forma a FSGS y contribuye solo marginalmente al flujo de genes dentro de la población. Las distancias de dispersión del polen dependieron de la densidad de las palmas macho, disminuyendo cuando los individuos muestran una distribución agrupada y aumentando cuando están dispersos. Nuestros resultados muestran que la dispersión limitada de semillas mediada por roedores da forma a FSGS en P. aequatorialis , mientras que una dispersión de polen más extensa representa una mayor contribución al flujo de genes y podría mantener una alta diversidad genética en la población.